典型文献
基于GEO数据库的2型糖尿病骨骼肌差异表达基因生物信息学分析
文献摘要：
目的 通过采用生物信息学的方法筛选2型糖尿病(type 2 diabetes,T2DM)的差异表达基因,并探索与之发生相关的潜在靶点,为T2DM的诊治提供新思路.方法 从GEO(gene expression omnibus,GEO)数据库下载GSE29221基因芯片,利用GEO2R在线工具筛选出T2DM患者与健康人群骨骼肌组织的差异表达基因(adj.P<0.01,logFC绝对值>1).用DAVID在线工具及STRING在线网站对差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)分别进行功能富集分析和蛋白质互作网络分析,并使用Cytoscape 3.8.0软件筛选关键基因.结果 经筛选得到116个DEGs,其中上调DEGs 19个,下调DEGs 97个.基因本体分析提示DEGs在生物过程主要富集于细胞外基质组织、细胞外结构组织、细胞基质黏附等;在细胞组成方面主要富集于细胞外基质、细胞外基质成分、内质网等;在分子功能主要富集于细胞外基质结构成分、纤连蛋白结合、整合素结合等.通路分析提示,DEGs主要富集于PI3K-Akt信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、AMPK信号通路等.利用Cytoscape筛选出10个关键基因,分别是COL1A1、THBS2、TIMP2、CD44、BGN、FBLN1、FMOD、SPARC、THBS1、VEGFA.结论 T2DM中的DEGs与疾病的发生发展相关,通过生物信息学分析可以发现2型糖尿病发展过程中新的生物学过程.
文献关键词：
2型糖尿病;生物信息学分析;GEO数据库;差异表达基因
中图分类号：
作者姓名：
刘静;鲁明;李春惠;刘志红
作者机构：
050000 石家庄市,河北医科大学第二医院内分泌科;050000 石家庄市,河北医科大学第二医院医务处
文献出处：
引用格式：
[1]刘静;鲁明;李春惠;刘志红-.基于GEO数据库的2型糖尿病骨骼肌差异表达基因生物信息学分析)[J].河北医药,2022(06):810-814
A类：
GSE29221,FMOD
B类：
骨骼肌,差异表达基因,生物信息学分析,type,diabetes,T2DM,潜在靶点,expression,omnibus,下载,基因芯片,GEO2R,健康人群,肌组织,adj,logFC,DAVID,STRING,线网,differentially,expressed,genes,DEGs,功能富集分析,蛋白质互作网络分析,Cytoscape,选关,关键基因,选得,基因本体分析,生物过程,细胞外基质,细胞组成,质成,内质网,基质结构,纤连蛋白,蛋白结合,整合素,通路分析,PI3K,Akt,糖尿病并发症,RAGE,AMPK,COL1A1,THBS2,TIMP2,CD44,BGN,FBLN1,SPARC,THBS1,VEGFA,生物学过程
AB值：
0.386968
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