典型文献
几个中国地方猪群体遗传结构和产仔数性状选择信号分析
文献摘要：
旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析,并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因.本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据,构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、16头五指山猪在内的低产仔数组和包括11头姜曲海猪、20头蓝塘猪、20头梅山猪在内的高产仔数组,经质控和基因型填充后,使用软件进行亲缘关系分析、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析、进化树构建和选择信号分析,并对受选择位点进行基因定位和功能富集分析.对数据进行质控和基因型填充后共获得33285个SNPs位点,6个中国地方猪品种间个体的亲缘关系较远,品种内个体亲缘关系较近;6个群体的LD衰减速度都非常快,依次为梅山猪＜蓝塘猪＜姜曲海猪＜明光小耳猪＜五指山猪或迪庆藏猪;梅山猪群体内存在3个亲缘关系较高的小群体,明光小耳猪有部分个体与迪庆藏猪聚集在一起,各个猪种在进化树的距离与其地理距离较为一致.选择信号分析共筛选到176个受选择的SNPs位点,在其上、下游12.68 kb范围内共检测到66个候选基因,富集到6条信号通路.通过文献查阅发现5个可能与繁殖性状相关的基因,其中CHD7与生长发育迟缓和生殖器异常相关,FBXO43与繁殖力相关并且影响呈圆周运动的精子数量,RUNX1控制雌激素、雄激素和前列腺素的分泌,STRBP与卵巢发育有关,TEDDM1在附睾中特异性表达.CHD7、FBXO43、RUNX1、STRBP和TEDDM1基因可能作为中国地方猪产仔数性状的候选基因.
文献关键词：
群体遗传结构;产仔数;选择信号;SNP位点;候选基因
中图分类号：
作者姓名：
路玉洁;莫家远;綦文晶;朱思燃;杨丽丽;刘巧玲;卜亚歌;兰干球;梁晶
作者机构：
广西大学动物科学技术学院,南宁530004
文献出处：
引用格式：
[1]路玉洁;莫家远;綦文晶;朱思燃;杨丽丽;刘巧玲;卜亚歌;兰干球;梁晶-.几个中国地方猪群体遗传结构和产仔数性状选择信号分析)[J].畜牧兽医学报,2022(02):360-369
A类：
PorcineSNP60,五指山猪,FBXO43,STRBP,TEDDM1
B类：
地方猪,猪群,群体遗传结构,产仔数,选择信号,信号分析,遗传结构分析,基因组选择,候选基因,下载,地方品种,种猪,Illumina,迪庆,藏猪,明光,低产,数组,姜曲海猪,梅山猪,质控,基因型填充,亲缘关系分析,连锁不平衡,衰减分析,进化树构建,选择位点,基因定位,功能富集分析,共获,SNPs,种间,较远,种内,LD,衰减速度,群体内,小群体,分个,地理距离,kb,繁殖性状,CHD7,生长发育迟缓,缓和,生殖器,繁殖力,圆周运动,精子,RUNX1,雌激素,雄激素,前列腺素,卵巢发育,附睾,特异性表达
AB值：
0.285976
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