典型文献
中畜草原白羽肉鸭与樱桃谷鸭的遗传差异分析
文献摘要：
[目的]通过基因组重测序技术对中畜草原白羽肉鸭与樱桃谷鸭的遗传差异进行分析,追溯两个品种鸭在不同人工选择下的基因组变异机制,以此阐明优异性状形成的遗传基础.[方法]选择樱桃谷鸭商品代和中畜草原白羽肉鸭商品代各16只进行基因组重测序,过滤掉高缺失率与最小等位基因频率较低的位点,获得高质量SNPs用于后续分析;对两品种的基因型数据进行主成分分析(PCA)确定其遗传分化情况;采用群体遗传分化指数(Fst)和群体核酸多样性比值(Pi)两种分析方法综合筛选中畜草原白羽肉鸭和樱桃谷鸭的受选择信号.[结果]主成分分析结果显示,中畜草原白羽肉鸭和樱桃谷鸭分化显著.以10 kb窗口5 kb步长分别计算Fst与Pi分析值,取前1％作为阈值(Fst＞0.177,Pi＞0.885),在两种分析方法的信号重叠区域共筛选到410 kb候选区域,共注释到21个候选基因.对候选基因进行GO与KEGG富集分析发现,12个基因显著富集到细胞组分和分子功能两大类中(P＜0.05),2个基因显著富集到代谢相关通路(P＜0.05).这些基因中,与脂质代谢、氨基酸代谢、免疫调控相关的基因包括PDE3A、PRKAR2B、SEMA5A、SHANK2、STXBP6与LOC101803508(GOLGB1)受到了强选择.[结论]虽然樱桃谷鸭与中畜草原白羽肉鸭均源自北京鸭,但经过不同强度、不同方向持续的人工选育,2个品种明显分化,且中畜草原白羽肉鸭具有更高的遗传多态性.筛选到了2个品种间一系列遗传分化候选基因,并重点挖掘了参与白羽肉鸭风味肉品质调控的相关基因,为后续研究不同白羽肉鸭品种特征、筛选品种特异性分子标记提供了参考.
文献关键词：
中畜草原白羽肉鸭;樱桃谷鸭;重测序;选择信号;候选基因
中图分类号：
作者姓名：
于思梦;郭占宝;胡健;周正奎;侯水生
作者机构：
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,农业农村部动物遗传育种与繁殖(家禽)重点实验室,北京100193
文献出处：
引用格式：
[1]于思梦;郭占宝;胡健;周正奎;侯水生-.中畜草原白羽肉鸭与樱桃谷鸭的遗传差异分析)[J].中国畜牧兽医,2022(03):801-808
A类：
中畜草原白羽肉鸭,PDE3A,SEMA5A,STXBP6,LOC101803508,GOLGB1
B类：
樱桃谷鸭,遗传差异,基因组重测序,种鸭,人工选择,基因组变异,变异机制,优异性,性状形成,遗传基础,滤掉,缺失率,等位基因频率,SNPs,两品,基因型,遗传分化,群体遗传,Fst,Pi,选中,选择信号,kb,步长,重叠区域,候选区域,候选基因,富集分析,两大类,相关通路,脂质代谢,氨基酸代谢,免疫调控,PRKAR2B,SHANK2,北京鸭,不同强度,同方向,选育,遗传多态性,种间,风味,肉品质,品质调控,鸭品种,品种特征,选品,品种特异性,分子标记
AB值：
0.243911
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