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基于SNP芯片对里岔黑猪进行遗传多样性与遗传结构分析的研究
文献摘要：
本实验旨在利用基因芯片对里岔黑猪进行保种分析和群体结构分析,理清该品种的遗传结构和血统关系,以更好地保护和利用里岔黑猪这一重要的地方猪种质资源.实验利用"中芯一号"基因芯片对里岔黑猪省级保种场的109头能繁公母猪进行SNP测定,进而实施群体遗传多样性、遗传结构、近交程度和家系分析.结果显示,里岔黑猪的有效群体含量为5.88;通过主成分分析、G矩阵和聚类分析,里岔黑猪整个群体分为8个公猪家系和1个非公猪家系(28头母猪不属于这8个公猪家系).在109头里岔黑猪中共检测到4 250个基因组上的长纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH),ROH长度在300~450 Mb之间的个体数目最多,占39.45%,平均ROH长度为343.56(±18.251)Mb;ROH数量40~50个的个体最多,占34.86%,平均为38.99(±1.461)个;将每个个体ROH数据汇总后计算出该群体的近交系数平均值为0.14.研究表明,胶州市茂华里岔黑猪良种场的群体在长期选育过程中遗传多样性丰富,但群体中近交现象明显,为确保其优良性状能够长期延续,可结合芯片数据,通过轮回杂交的方式,减缓群体近交系数的增长,或者从其他里岔黑猪保种场引入公猪,进行血统更新.
文献关键词：
保种分析;基因芯片;里岔黑猪;亲缘关系;血统分析
中图分类号：
作者姓名：
李晓;崔超;王源;于光辉
作者机构：
青岛农业大学动物科技学院,山东青岛 266109;胶州市农业农村局,山东青岛 266300
文献出处：
引用格式：
[1]李晓;崔超;王源;于光辉-.基于SNP芯片对里岔黑猪进行遗传多样性与遗传结构分析的研究)[J].中国畜牧杂志,2022(11):117-122
A类：
保种分析,Runs,Homozygosity,血统分析
B类：
SNP,里岔黑猪,遗传多样性,遗传结构分析,基因芯片,群体结构分析,该品,保护和利用,地方猪种,种质资源,保种场,公母,母猪,群体遗传,家系分析,有效群体,矩阵和,公猪,非公,头里,ROH,Mb,个个,数据汇总,总后,近交系数,胶州市,华里,良种场,选育过程,优良性状,合芯,过轮,轮回杂交,行血,亲缘关系
AB值：
0.276353
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