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部分河南地方猪与藏猪选择信号分析
文献摘要：
本实验旨在对部分河南地方猪和藏猪筛选全基因组选择信号,研究它们之间的遗传分化情况和基因交流情况.实验基于淮南猪、南阳黑猪、确山黑猪、河南野猪、藏猪以及中国野猪6个猪品种共计66个个体的全基因组重测序数据,通过多种软件对重测序数据进行群体结构分析和选择信号分析,同时利用TreeMix软件对河南地方猪与藏猪进行基因流分析.结果显示:河南地方猪、藏猪与野猪的遗传关系比较远,而河南地方猪和藏猪之间的遗传关系较近.通过群体分化指数(Fixation indices,Fst)方法进行选择信号分析,并对分析结果进行基因功能注释和富集分析,共找到369个基因,GO和KEGG富集分析显示,这些基因主要富集于RNA聚合酶II对转录的负调控通路、神经营养因子信号通路等通路,通过查阅文献得到47个与重要性状相关的候选基因.基因流分析显示藏猪与确山黑猪有基因交流情况.
文献关键词：
河南地方猪;藏猪;选择信号;基因流
中图分类号：
作者姓名：
崔晟頔;张力戈;张松源;詹凤婷;李秀领;乔瑞敏;韩雪蕾;李新建;王克君
作者机构：
河南农业大学动物科技学院,河南郑州450046
文献出处：
引用格式：
[1]崔晟頔;张力戈;张松源;詹凤婷;李秀领;乔瑞敏;韩雪蕾;李新建;王克君-.部分河南地方猪与藏猪选择信号分析)[J].中国畜牧杂志,2022(08):73-78
A类：
河南地方猪,TreeMix
B类：
藏猪,选择信号,信号分析,全基因组选择,遗传分化,基因交流,淮南,南阳,确山黑猪,野猪,国野,个个,全基因组重测序,序数,群体结构分析,基因流,流分析,遗传关系,关系比较,较远,群体分化,Fixation,indices,Fst,基因功能注释,功能注释和富集,富集分析,II,负调控,调控通路,神经营养因子,重要性状,候选基因
AB值：
0.284762
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