典型文献
虹鳟TANK基因的克隆及其在传染性造血器官坏死病毒(IHNV)感染下的表达分析
文献摘要：
TRAF家族成员关联的NF-κB激活剂(TRAF family member-associated NF-κB activator,TANK)参与维甲酸诱导基因Ⅰ(retinoic acid-inducible gene I,RIG-Ⅰ)样受体介导的信号通路,在脊椎动物的先天免疫中发挥重要作用.为了解TANK基因的生物学特性及其在虹鳟(Oncorhynchus mykiss)抗病毒免疫应答中的作用,本研究通过cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术获得虹鳟TANK的全长cDNA序列(GenBank No.OK605587),并进行了生物信息学分析,同时采用qPCR技术检测该基因在健康虹鳟头肾、皮肤、眼、鳃、脑、肠、肝脏、脾脏、心脏和肌肉10个组织中的表达模式,以及感染传染性造血器官坏死病毒(Infectious hematopoietic necrosis virus,IHNV)后脾脏、肝脏、头肾、皮肤、鳃和肠6个重要免疫组织在不同时间点(0,6,12,24,48,72,96,120和144 h)的表达变化.结果显示,TANK基因cDNA全长1618 bp,包含1107 bp的开放阅读框,编码368个氨基酸.生物信息学分析表明,TANK蛋白的分子量为41.41 kD,理论等电点为6.03,不稳定系数为70.60,亲水性平均值为?0.748,脂肪系数为65.54,属于不稳定亲水蛋白.对TANK蛋白的结构分析发现,该蛋白无跨膜结构域,含有保守的TBK1/IKKi结合结构域(TBK1/IKKi-binding domain,TBD)和coiled-coil区域.同源性比对及系统进化分析显示,虹鳟与大马哈鱼(Oncorhynchus keta)的同源性最高(95.92％)且进化关系最近.组织表达分析显示,TANK基因在健康虹鳟头肾、皮肤、眼、鳃、脑、肠、肝脏、脾脏、心脏、肌肉组织中均有表达,在肝脏中表达最高,脾脏和心脏次之,皮肤中最低;经IHNV感染后,TANK基因在脾脏、肝脏、头肾、皮肤、鳃、肠中的表达均极显著上调(P<0.01),以黏膜组织的皮肤和肠中变化最为显著,分别在48和72 h达到峰值,为对照组的3.14和3.16倍;除了脾脏组织的表达量整体表现为先升后降的趋势外,肝脏、头肾、皮肤、鳃和肠均呈现先降后升再降的表达趋势,且肝脏、头肾、皮肤、肠在96和120 h出现不同程度的回升.上述结果表明,TANK基因可能在虹鳟抵御IHNV感染的先天免疫应答中发挥重要作用.本研究结果为进一步探究TANK基因在硬骨鱼类中的抗病毒免疫调控机制提供了基础数据.
文献关键词：
虹鳟;免疫;基因克隆;TRAF家族成员关联的NF-κB激活剂(TANK);表达分析
中图分类号：
作者姓名：
孙同振;黄进强;吴深基;赵璐;潘玉财;雷明荃
作者机构：
甘肃农业大学动物科学技术学院,兰州730070
文献出处：
引用格式：
[1]孙同振;黄进强;吴深基;赵璐;潘玉财;雷明荃-.虹鳟TANK基因的克隆及其在传染性造血器官坏死病毒(IHNV)感染下的表达分析)[J].农业生物技术学报,2022(11):2174-2186
A类：
IHNV,OK605587,IKKi
B类：
虹鳟,TANK,传染性造血器官坏死病毒,TRAF,激活剂,family,member,associated,activator,维甲酸,retinoic,acid,inducible,gene,RIG,样受体,脊椎动物,先天免疫,生物学特性,Oncorhynchus,mykiss,抗病毒免疫,免疫应答,cDNA,rapid,amplification,ends,RACE,技术获得,全长,GenBank,No,生物信息学分析,qPCR,头肾,脾脏,表达模式,Infectious,hematopoietic,necrosis,virus,免疫组织,不同时间点,表达变化,bp,开放阅读框,分子量,kD,等电点,不稳定系数,亲水性,定亲,跨膜结构域,TBK1,结合结构,binding,domain,TBD,coiled,同源性,系统进化分析,大马哈鱼,keta,进化关系,组织表达分析,肌肉组织,先降,再降,回升,硬骨鱼类,免疫调控,调控机制,基因克隆
AB值：
0.332518
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