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典型文献
过路黄MYB转录因子家族成员的挖掘及鉴定
文献摘要:
目的 分析过路黄Lysimachia christinae MYB转录因子家族相关成员的结构和功能,挖掘与黄酮类物质生物合成相关的基因信息.方法 基于过路黄全长转录组数据库,利用ProtParam、GenStript、MEME、WebLogo、SOPMA、Swiss-Model等在线网站分析过路黄MYB转录因子家族蛋白的理化性质、亚细胞定位、保守基序和结构域、蛋白高级结构等.利用MEGA软件构建系统发育树,分析过路黄MYB转录因子家族(LcMYB)与拟南芥ArabidopsisthalianaMYB蛋白的系统发育关系.结果 挖掘到51个LcMYB基因,预测51条具有MYB转录因子保守结构域的蛋白序列;根据结构域可分为R1-LcMYB、R2R3-LcMYB和R3-LcMYB 3个亚类,且所有LcMYB基序中都含有3个保守的色氨酸;过路黄MYB家族蛋白均为亲水性蛋白,热稳定性较高且富含碱性氨基酸,大部分蛋白以无规则卷曲为主,其中R2R3-LcMYB39、R2R3-LcMYB47、R2R3-LcMYB48 与 R2R3-LcMYB50 蛋白是以 α-螺旋为主;与拟南芥 MYB 转录因子家族共同构建的进化树发现,过路黄MYB家族在进化上包括3个大类.结论 在过路黄物种中获得了 51个MYB转录因子家族成员的基因的结构和功能信息,其中有2个成员与黄酮类物质的生物合成有关,该研究结果为后续克隆利用黄酮类物质生物合成相关基因提供了分子基础.
文献关键词:
过路黄;MYB;生物信息学;黄酮类;转录因子
作者姓名:
杨敬天;黎华;赵欢;龙芸;张咏祀;刘小红
作者机构:
绵阳师范学院生态安全与保护四川省重点实验室,四川绵阳 621000;北川羌族自治县国有林场,四川绵阳 622761;西华师范大学生命科学院,四川南充 637009
文献出处:
引用格式:
[1]杨敬天;黎华;赵欢;龙芸;张咏祀;刘小红-.过路黄MYB转录因子家族成员的挖掘及鉴定)[J].中草药,2022(16):5149-5158
A类:
christinae,GenStript,LcMYB,ArabidopsisthalianaMYB,LcMYB39,LcMYB47,LcMYB48,LcMYB50
B类:
过路黄,Lysimachia,结构和功能,黄酮类物质,生物合成,基因信息,全长转录组,转录组数据,ProtParam,MEME,WebLogo,SOPMA,Swiss,Model,线网,亚细胞定位,保守基序,MEGA,软件构建,建系,系统发育树,拟南芥,系统发育关系,保守结构域,R1,R2R3,亚类,色氨酸,亲水性,热稳定性,碱性氨基酸,无规则,卷曲,进化树,分子基础
AB值:
0.224019
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