典型文献
肾细胞癌相关诊断基因筛选及免疫浸润特性分析
文献摘要：
目的 探讨肾细胞癌(RCC)相关的诊断基因和免疫浸润特性.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库中获取RCC相关基因的表达数据,筛选肿瘤组织和正常组织间差异表达基因,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)及最小绝对收缩和选择算法(LASSO)Cox回归模型筛选RCC相关枢纽基因,通过基因表达量、受试者工作特征曲线及免疫组化验证所得枢纽基因的准确性,最后利用免疫细胞单样本基因富集分析肿瘤组织和正常组织间免疫细胞浸润相对丰度.结果 选取GSE11151和GSE66272作为训练集,筛选得到差异表达基因384个,其中上调基因129个,下调基因255个,主要富集于酪氨酸代谢、吞噬体、补体与凝血级联反应、醛固酮调节钠重吸收和PPAR信号通路,通过WGCNA及LASSO Cox回归模型二次筛选差异表达基因,得到关于RCC的诊断基因ASS1、DIO1、FAM151A、SLC6A19和SLC22A6.其中ASS1、FAM151A、SLC6A19和SLC22A6与RCC临床分期相关,SLC6A19与RCC预后相关.免疫细胞单样本基因富集分析显示,对比正常组织,T细胞、树突状细胞、髓系抑制性细胞、B细胞、自然杀伤细胞、巨噬细胞和肥大细胞在肿瘤组织中的相对丰度较高,诊断基因中SLC22A6与中性粒细胞呈正相关(P<0.05),而DIO1、SLC6A19分别与2型辅助T细胞、活化CD4+T细胞呈负相关(P<0.05).结论 ASS1、DIO1、FAM151A、SLC6A19和SLC22A6是潜在的与RCC发生、发展相关的诊断基因,且与免疫细胞浸润密切相关.
文献关键词：
肾细胞癌;诊断基因;基因共表达网络分析;免疫浸润
中图分类号：
作者姓名：
白洋洋;郭依琳;陈瑞廷;潘世杰;孙继建
作者机构：
河南省中医院 泌尿外科,河南 郑州 450002;郑州大学第二附属医院 妇产科,河南 郑州 450014
文献出处：
引用格式：
[1]白洋洋;郭依琳;陈瑞廷;潘世杰;孙继建-.肾细胞癌相关诊断基因筛选及免疫浸润特性分析)[J].河南医学研究,2022(24):4423-4430
A类：
GSE11151,GSE66272,DIO1,FAM151A,SLC6A19,SLC22A6
B类：
肾细胞癌,诊断基因,基因筛选,免疫浸润,RCC,基因表达汇编,GEO,肿瘤组织,正常组织,差异表达基因,加权基因共表达网络分析,WGCNA,选择算法,LASSO,Cox,模型筛选,枢纽基因,基因表达量,受试者工作特征曲线,免疫组化,化验,单样本基因富集分析,免疫细胞浸润,相对丰度,训练集,选得,酪氨酸,酸代谢,吞噬体,补体,凝血级联反应,醛固酮,重吸收,PPAR,二次筛选,ASS1,临床分期,树突状细胞,髓系抑制性细胞,自然杀伤细胞,巨噬细胞,肥大细胞,CD4+T
AB值：
0.224911
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