典型文献
FOXI3在头颈部鳞状细胞癌中的表达及相关性分析
文献摘要：
目的:探究叉头盒I3基因(FOXI3)在头颈部鳞状细胞癌(HNSC)组织中的表达及其对HNSC患者预后的影响,阐明FOXI3在HNSC发生发展中的作用.方法:从肿瘤基因组图谱(TCGA)下载HNSC的基因表达数据和相应的临床信息.使用TIMER 2.0、GEPIA和UALCAN在线数据库验证FOXI3在HNSC中的表达.应用WilCoxon秩和检验分析FOXI3在非配对样本及配对样本中的表达差异.应用R软件ggplot2包分析TCGA数据集中FOXI3表达与HNSC临床因素之间的相关性.应用Cox回归分析TCGA数据库中具有预后信息的HNSC患者,Kaplan Meier数据库及GEPIA数据库验证上述结果.使用R软件进行单因素和多因素Cox分析.使用GeneMania及STRING数据库对FOXI3相互作用基因和蛋白质进行鉴定,同时应用R软件的clusterProfiler包对相互作用的基因进行富集分析.应用TIMER 2.0分析HNSC中FOXI3表达与癌症相关成纤维细胞的浸润水平的相关性.应用R软件GSVA包的ssGSEA算法估计TCGA数据库中HNSC患者FOXI3表达与免疫浸润之间的相关性.结果:FOXI3在HNSC中的表达显著高于正常组织,差异具有统计学意义(P＜0.001).FOXI3基因表达升高的HNSC患者总体生存率(OS)及疾病特异性生存期(DSS)较低表达组差,差异具有统计学意义(P＜0.05).单因素Cox回归显示FOXI3可作为独立的预后因素.GeneMania数据库及STRING数据库显示,与FOXI3相互关联的基因较多,富集分析显示其参与的细胞组分、分子功能、生物学过程及信号通路较复杂.基于MCPCOUNTER、TIDE、EPIC算法,HNSC的FOXI3表达与癌症相关成纤维细胞的浸润水平呈正相关.在HNSC中FOXI3与NK CD56bright细胞浸润水平呈正相关,而与多种免疫细胞的浸润水平呈负相关.结论:FOXI3在HNSC组织中的表达高于正常组织,且其高表达可能与HNSC的发生、发展及不良预后相关,FOXI3可作为HNSC诊断与预后的候选指标.
文献关键词：
头颈部鳞状细胞癌;叉头盒I3基因;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
潘志勇;谢丽婷
作者机构：
莆田学院附属医院,福建莆田351100
文献出处：
引用格式：
[1]潘志勇;谢丽婷-.FOXI3在头颈部鳞状细胞癌中的表达及相关性分析)[J].深圳中西医结合杂志,2022(09):8-12,后插1-后插4
A类：
FOXI3,WilCoxon,GeneMania,MCPCOUNTER
B类：
头颈部鳞状细胞癌,叉头盒,HNSC,肿瘤基因组图谱,TCGA,下载,基因表达数据,临床信息,TIMER,GEPIA,UALCAN,秩和检验,检验分析,表达差异,ggplot2,包分析,临床因素,Kaplan,Meier,STRING,clusterProfiler,富集分析,癌症相关成纤维细胞,GSVA,ssGSEA,免疫浸润,正常组织,总体生存率,OS,疾病特异性生存期,DSS,低表达,预后因素,相互关联,生物学过程,TIDE,EPIC,NK,CD56bright,细胞浸润,免疫细胞,不良预后,生物信息学分析
AB值：
0.230458
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