典型文献
川中黑山羊基因组近交系数和选择信号分析
文献摘要：
[目的]旨在利用高密度SNPs评估川中黑山羊的近交水平并鉴定选择信号.[方法]基于41个川中黑山羊全基因组重测序数据筛选全基因组SNPs,分析连锁不平衡、估计有效群体大小并检测长纯合片段(runs of homozygosity,ROH).使用5种方法(FROH、FUNI、FHOM、FVR1和FVR2)估计个体基因组近交系数并进行比较.采用ROH岛、iHH12和XP-EHH 3种方法,鉴定川中黑山羊中正选择基因.[结果]连锁不平衡分析表明,SNPs之间的物理距离为10 bp时r2为0.51,当此距离增加到1000 bp时r2为0.2.在999世代前川中黑山羊有效群体大小为5696只,而13世代前则降低到190只.基于ROH,川中黑山羊群体的近交主要发生在250～500世代(FROH 0.1-0.2 Mb)和100～250世代(FROH 0.2–0.5 Mb).另外,FROH与FUNI和FHOM估计值呈现显著正相关,而FUNI与FVR1的相关性最高(r=0.983).在鉴定的67个正选择基因中,NCAPG和LCORL在川中黑山羊群体中受到强烈的选择,这两个基因中共存在4个错义突变和2个移码突变.[结论]研究结果为川中黑山羊的遗传改良提供了参考,鉴定到的正选择基因可进一步应用于川中黑山羊的标记辅助选择.
文献关键词：
山羊;全基因组重测序;基因组近交系数;选择信号
中图分类号：
作者姓名：
郭家中;孙学良;向秋楠;肖凤敏;张红平
作者机构：
四川农业大学动物科技学院,成都 611130
文献出处：
引用格式：
[1]郭家中;孙学良;向秋楠;肖凤敏;张红平-.川中黑山羊基因组近交系数和选择信号分析)[J].四川农业大学学报,2022(05):656-663
A类：
FUNI,FHOM,FVR1,FVR2,iHH12
B类：
川中黑山羊,基因组近交系数,选择信号,信号分析,SNPs,全基因组重测序,序数,数据筛选,有效群体,runs,homozygosity,FROH,XP,EHH,中正,正选择,连锁不平衡分析,bp,r2,当此,世代,前川,羊群,Mb,估计值,NCAPG,LCORL,错义突变,移码突变,遗传改良,标记辅助选择
AB值：
0.201916
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
