典型文献
儋州鸡体尺性状全基因组关联分析
文献摘要：
[目的]挖掘影响地方鸡体尺性状的有效SNP位点及功能基因,给儋州鸡育种工作提供有效的数据基础和理论支撑.[方法]共采集200只儋州鸡血样并提取基因组DNA,利用10×全基因组重测序技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型.使用EMMAX软件基于混合线性模型对70日龄的儋州鸡体尺性状(胫长、胫围、体斜长、胸宽、髋骨宽、胸深、龙骨长)进行全基因组关联分析.[结果]共发现与胫长性状和胫围性状基因组水平显著相关的SNPs位点有12和8个,与胫长性状相关SNPs分别定位于1、2、4和8号染色体上;与胫围性状相关的SNPs定位于2、4、8和13号染色体上.预测与胫长相关的候选基因为KCNA1、TPK1、EZH2、FSTL5和AMY2A基因,与胫围相关的候选基因为TPK1、FSTL5、AMY2A、TGFBI、LECT2和IL-9.通过KEGG通路分析和GO注释发现,8个基因参与钾离子跨膜转运、硫胺素新陈代谢、细胞增殖、钙离子结合、骨骼肌卫星细胞维持与骨骼肌再生、细胞受体相互作用、生长因子活性等生物学进程.[结论]本研究发现了20个与儋州鸡体尺性状关联的SN Ps位点,并筛选到8个目标性状候选基因,为儋州鸡育种提供候选的分子标记,为地方鸡标记辅助选择提供新的思路.
文献关键词：
儋州鸡;全基因组关联分析(GWAS);SNP;体尺性状
中图分类号：
作者姓名：
姜宏正;杨德智;马中华;荀文娟;施力光;侯冠彧
作者机构：
海南大学动物科技学院,海口570228;中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所,海口571101
文献出处：
引用格式：
[1]姜宏正;杨德智;马中华;荀文娟;施力光;侯冠彧-.儋州鸡体尺性状全基因组关联分析)[J].中国畜牧兽医,2022(02):598-607
A类：
儋州鸡,KCNA1,TPK1,FSTL5,AMY2A
B类：
体尺性状,全基因组关联分析,响地,地方鸡,功能基因,育种工作,数据基础,鸡血,血样,全基因组重测序,技术获得,基因型,EMMAX,混合线性模型,日龄,胫长,胸宽,髋骨,龙骨,长性,SNPs,长相,候选基因,EZH2,TGFBI,LECT2,通路分析,钾离子,跨膜转运,硫胺素,新陈代谢,钙离子,离子结合,骨骼肌卫星细胞,骨骼肌再生,细胞受体,性状关联,目标性,分子标记,标记辅助选择,GWAS
AB值：
0.271506
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