典型文献
毛籽红山茶叶绿体基因组特征及其系统发育分析
文献摘要：
[目的]对毛籽红山茶(Camellia trichosperma)叶绿体全基因组进行序列特征分析并构建系统发育树,判断其分类学地位.[方法]基于高通量测序技术对毛籽红山茶叶绿体全基因组进行测序、组装、注释和序列特征分析及构建系统发育树.[结果]毛籽红山茶叶绿体全基因组长度为156605 bp,具有典型的四分体结构,其IR区GC含量最高,为40.5％.通过注释预测到87个蛋白质编码基因,36个tRNA基因以及8个rRNA基因.简单重复序列(SSR)检测表明,叶绿体基因组包含68个SSR位点,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸数量分别为48、4、1、3和12.密码子偏好性分析发现亮氨酸密码子使用率最高,色氨酸使用率最低.[结论]毛籽红山茶与红山茶组(Sect.Camellia)的山茶(C.Japonica)和浙江红山茶(C.Chekiangoleosa)亲缘关系较近,但与同组的滇山茶(C.Reticulata)和南山茶(C.Semiserrata)亲缘关系较远.
文献关键词：
毛籽红山茶;叶绿体基因组;系统发育
中图分类号：
作者姓名：
郑倩;童一涵;孔庆博;冯士令;周莉君;丁春邦;陈涛
作者机构：
四川农业大学命科学学院,四川 雅安 625014
文献出处：
引用格式：
[1]郑倩;童一涵;孔庆博;冯士令;周莉君;丁春邦;陈涛-.毛籽红山茶叶绿体基因组特征及其系统发育分析)[J].四川农业大学学报,2022(04):574-582
A类：
毛籽红山茶,trichosperma,Chekiangoleosa,Semiserrata
B类：
茶叶,叶绿体基因组,基因组特征,系统发育分析,Camellia,叶绿体全基因组,序列特征分析,建系,系统发育树,分类学地位,高通量测序技术,组长,bp,四分体,分体结构,蛋白质编码基因,tRNA,rRNA,简单重复序列,SSR,单核苷酸,六核,密码子偏好性,偏好性分析,亮氨酸,色氨酸,茶组,Sect,Japonica,亲缘关系,Reticulata,南山,较远
AB值：
0.240393
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