典型文献
粉红单端孢 TrPLD基因家族鉴定及其在侵染甜瓜过程中的表达
文献摘要：
为了进一步分析粉红单端孢中TrPLD家族基因的生物学特性和在致病过程中的表达特性,通过对粉红单端孢全基因组测序得到的4 个TrPLD基因,利用SMART、MEGA 7、ProtScale、SOPMA等软件对TrPLD基因家族进行生物信息学分析;应用RT-qPCR技术分析粉红单端孢在模拟侵染甜瓜果实过程中不同TrPLD基因的表达情况.系统发育树分析表明,TrPLD1 与炭疽菌亲缘关系最近,同源性为 63.89％;TrPLD2 与淡紫拟青霉同源性为 74.57％;TrPLD3和TrPLD4 分别与禾谷镰刀菌和铜绿假单胞菌亲缘关系最近,同源性分别为65.38％和55.45％.生物信息学分析表明,TrPLD1、TrPLD2、TrPLD3 和TrPLD4 蛋白均具有PLD的2 个保守结构域HKD基序,除HKD结构域外,TrPLD3 还包含PX和PH结构域,且4 种蛋白均属于亲水性不稳定蛋白,不含信号肽和跨膜结构,属于非分泌蛋白,4 种蛋白包含不同数量的磷酸化位点,其中TrPLD3 包含的数量最多;通过亚细胞定位预测发现,TrPLD1 和TrPLD3 主要定位于细胞核上,TrPLD2 和TrPLD4 主要定位于质膜上;RT-qPCR分析表明,在粉红单端孢模拟侵染甜瓜果实过程中,以CK表达量为对照,TrPLD1、TrPLD2、TrPLD3 和TrPLD4 的基因表达量随侵染过程的发生显著上调,其中TrPLD3 基因表达量显著高于TrPLD1、TrPLD2 和TrPLD4.综上表明,4 个TrPLD具有不同的结构和生物学功能,其中,TrPLD3 在粉红单端孢侵染甜瓜果实过程中发挥重要的调控作用.
文献关键词：
粉红单端孢;磷脂酶D;生物信息学分析;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
柳漆利;张倩倩;薛华丽;毕阳;宗元元;彭慧
作者机构：
甘肃农业大学 理学院,甘肃 兰州 730070;甘肃农业大学 食品科学与工程学院,甘肃 兰州 730070
文献出处：
引用格式：
[1]柳漆利;张倩倩;薛华丽;毕阳;宗元元;彭慧-.粉红单端孢 TrPLD基因家族鉴定及其在侵染甜瓜过程中的表达)[J].华北农学报,2022(06):63-71
A类：
TrPLD,TrPLD1,TrPLD2,TrPLD3,TrPLD4,HKD
B类：
粉红单端孢,基因家族鉴定,甜瓜,家族基因,生物学特性,表达特性,全基因组测序,SMART,MEGA,ProtScale,SOPMA,生物信息学分析,qPCR,瓜果,系统发育树分析,炭疽菌,亲缘关系,同源性,淡紫,拟青霉,禾谷镰刀菌,铜绿假单胞菌,保守结构域,基序,域外,PX,PH,种蛋,亲水性,信号肽,膜结构,非分,分泌蛋白,白包,磷酸化,亚细胞定位,定位预测,细胞核,质膜,基因表达量,侵染过程,生物学功能,磷脂酶,表达分析
AB值：
0.213256
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