典型文献
侵染西番莲的东亚西番莲病毒全基因组序列特征及TC-RT-PCR检测技术
文献摘要：
[目的]东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora virus,EAPV)是西番莲(百香果)上危害严重的一种病毒.本研究对我国大陆地区东亚西番莲病毒福建分离物(EAPV-FJ)的全基因组序列进行测定,明确其基因组序列特征,并建立适用于EAPV特异性检测的TC-RT-PCR(tube capture RT-PCR)技术,旨在为该病毒的检测、监测及防治提供理论依据和技术支持.[方法]采用小RNA深度测序技术结合分段克隆方法和RACE技术,测定EAPV-FJ的全基因组序列,对获得的序列进行序列特征、系统发育关系和重组分析;通过反应条件及反应体系优化,建立用于EAPV快速检测的TC-RT-PCR技术,测定其特异性和灵敏度,并应用建立的TC-RT-PCR技术对福建省西番莲果园采集的样品进行检测,同时利用普通RT-PCR检测方法进行验证.[结果]测序获得的EAPV-FJ核苷酸序列全长为10065 nt(不含polyA尾),含有一个长度为9663 nt的开放阅读框,编码3220 aa的多聚蛋白(polyprotein),经剪切后最终生成P1、HC-Pro、P3、6K1、CI、6K2、VPg、NIa、NIb和CP 10个蛋白.基因组序列一致性分析结果表明,EAPV-FJ全基因组与GenBank登录的4个EAPV代表分离物核苷酸序列一致性为80％—99％,其中与AO株系的越南分离物EAPV-GL1(GenBank登录号:MT450870)一致性最高,为99％;EAPV-FJ多聚蛋白核苷酸、氨基酸序列与GenBank登录的4个EAPV代表分离物一致性分别为79％—99％、82％—98％.基于多聚蛋白核苷酸序列的系统发育关系分析显示,EAPV分离物共分为两个类群(Group I为AO株系、GroupⅡ为IB株系),未表现出明显的地理相关性,其中EAPV-FJ属于Group I,与已报道的越南分离物EAPV-GL1亲缘关系最近.重组分析结果表明,EAPV-FJ为非重组分离物.建立的TC-RT-PCR检测技术具有较好的特异性和灵敏度,仅能检测到感染EAPV的西番莲样品,而黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、西番莲潜隐病毒(Passiflora latent virus,PLV)、木槿潜隐皮尔斯堡病毒(hibiscus latent Fort Pierce virus,HLFPV)、芜菁花叶病毒(turnip mosaic virus,TuMV)、大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)、夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus,TeMV)等其他病毒及健康样品均无法检测到;灵敏度最低可以检测到稀释10倍的EAPV西番莲病叶提取液原液,与普通RT-PCR检测方法的灵敏度相当.应用建立的TC-RT-PCR技术从福建省西番莲果园采集的60份疑似病样中检出EAPV共13份,该结果与普通RT-PCR检测结果一致.[结论]首次报道了我国大陆地区EAPV全基因组序列,该分离物(EAPV-FJ)基因组结构与已报道的其他分离物一致,在系统发育关系上与越南分离物EAPV-GL1亲缘关系最近,且未检测到重组位点;建立的TC-RT-PCR检测技术具有操作简便、特异性强、灵敏度高和成本低的优点,能有效用于西番莲果园样品上EAPV的实际检测.
文献关键词：
西番莲;东亚西番莲病毒;全基因组;TC-RT-PCR检测
中图分类号：
作者姓名：
谢丽雪;张小艳;张立杰;郑姗;李韬
作者机构：
福建省农业科学院果树研究所,福州 350013
文献出处：
引用格式：
[1]谢丽雪;张小艳;张立杰;郑姗;李韬-.侵染西番莲的东亚西番莲病毒全基因组序列特征及TC-RT-PCR检测技术)[J].中国农业科学,2022(22):4408-4418
A类：
6K1,6K2,VPg,NIa,NIb,MT450870,hibiscus,HLFPV,turnip,telosma
B类：
侵染,东亚西番莲病毒,全基因组序列,序列特征,East,Asian,Passiflora,virus,EAPV,百香果,大陆地区,分离物,FJ,特异性检测,tube,capture,监测及防治,深度测序,技术结合,RACE,系统发育关系,重组分析,反应条件,反应体系优化,快速检测,果园,全长,polyA,开放阅读框,aa,多聚,polyprotein,终生,P1,HC,Pro,P3,CP,序列一致性,一致性分析,GenBank,AO,株系,越南,GL1,登录号,氨基酸序列,关系分析,类群,Group,IB,地理相关性,亲缘关系,黄瓜花叶病毒,cucumber,mosaic,CMV,潜隐,latent,PLV,木槿,皮尔斯,Fort,Pierce,芜菁,TuMV,大豆花叶病毒,soybean,SMV,夜来香花叶病毒,TeMV,提取液,原液,首次报道,基因组结构,系上,未检,灵敏度高
AB值：
0.229542
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