典型文献
TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较
文献摘要：
目的:探索4种消化系统癌症(DSCs)分子特征的异同及分子特征同临床基本特征的关系.方法:基于生物信息学方法从TCGA数据库中获取食管癌(ESCA)、胃癌(STAD)、直肠癌(READ)、结肠癌(COAD)4种DSCs的分子特征,包括基因突变、拷贝数变异、基因表达以及甲基化,结合MIF算法、差异分析筛选出癌症驱动基因、差异甲基化基因(DMGs)以及差异表达基因(DEGs),并利用富集分析、生存分析、相关性分析比较4种癌症类型中分子特征的异同,进一步探索分子特征同临床基本特征的关系.结果:4种癌症类型具有相似的分子特征,包括:突变频率与基因表达、甲基化水平相关性很低,线性关系均不明显;MaxMIF软件获得的30个癌症驱动基因中均仅有少数几个基因具有预后效果,包括ESCA 2个、STAD 2个、READ 1个、COAD 1个;拷贝数变化数据在癌症组织样本和正常组织样本中的分布并不均匀;DEGs中仅有少部分基因具有预后效果,包括食管癌(29/829)、胃癌(0/394)、直肠癌(71/606)、结肠癌(50/591),并且KEGG通路均富集于"神经活性的配体-受体相互作用".另外,4种癌症类型之间具有不同的癌症驱动基因、具有预后效果的DEGs,以及DMGs.结论:经分析得到4种DSCs分子特征的异同点有助于了解整个DSCs,并有望为深入理解DSCs的分子特征及相应的分子靶向治疗方案的设计提供有效的依据.
文献关键词：
消化系统癌症;TCGA数据库;癌症驱动基因;差异表达基因;差异甲基化基因
中图分类号：
作者姓名：
刘菲;袁锐;陈世龙;王永翠
作者机构：
中国科学院西北高原生物研究所青海省作物分子育种重点实验室,西宁810008;中国科学院大学,北京100049
文献出处：
引用格式：
[1]刘菲;袁锐;陈世龙;王永翠-.TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较)[J].中国免疫学杂志,2022(18):2252-2258
A类：
MaxMIF
B类：
TCGA,消化系统癌症,分子特征,DSCs,生物信息学方法,取食,食管癌,ESCA,胃癌,STAD,直肠癌,READ,结肠癌,COAD,基因突变,拷贝数变异,癌症驱动基因,差异甲基化基因,DMGs,差异表达基因,DEGs,富集分析,生存分析,突变频率,甲基化水平,少数几个,预后效果,拷贝数变化,癌症组,正常组织,少部分,均富,异同点,分子靶向治疗
AB值：
0.24775
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