典型文献
宫颈和食管鳞状细胞癌组织中DNA甲基化谱分析及肿瘤标志物初步筛选
文献摘要：
目的 初步筛选与宫颈鳞状细胞癌和食管鳞状细胞癌发生相关的差异甲基化标志物.方法 采用Illumina Infinium HumanMethylation450 Bead Chips(甲基化450k芯片)技术分别检测并分析8例宫颈鳞状细胞癌和8例食管鳞状细胞癌及其相应癌旁组织的DNA甲基化谱,筛选差异甲基化基因;结合基因本体(Gene Ontology,GO)分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)Pathway分析差异甲基化基因生物学功能,并通过UALCAN数据库和GEPIA数据库对差异基因进行验证.结果 与癌旁组织相比,宫颈鳞状细胞癌和食管鳞状细胞癌中分别检测出29505个和54009个差异甲基化位点,两种肿瘤组织的共有差异位点5421个.这些共有甲基化差异位点主要位于启动子、gene body和3′UTR等基因功能区,基于这些共有甲基化位点,鉴定出相关基因2041个.结合GO功能注释分析显示在生物进展过程注释类别中,这些基因主要富集于信号传导、细胞黏附、胚胎骨骼系统形态发生;在分子功能注释类别中,主要集中于基因序列特异性结合、基因序列特异性结合转录因子活性、钙通道活性的调节;在细胞组分注释类别中,主要以质膜、质膜的整体组成、基底膜为中心.KE GG通路分析发现差异甲基化基因与黏着斑、癌症信号通路、细胞外基质受体相互作用和肌动蛋白细胞骨架调节有关,并筛选得到ITGA6基因可以作为以上2种肿瘤发生相关的候选基因;利用UALCAN数据库和GEPIA数据库分析显示ITGA6基因在2种肿瘤中高表达.结论 ITGA6基因在鳞状细胞癌的形成中发挥重要作用,可作为诊断鳞状细胞癌的重要标志物.
文献关键词：
宫颈鳞状细胞癌;食管鳞状细胞癌;DNA甲基化;鳞状细胞癌;肿瘤标志物;共有差异基因
中图分类号：
作者姓名：
徐丽秀;李金秋;马俊旗;阿仙姑·哈斯木
作者机构：
新疆医科大学基础医学院病理学教研室,乌鲁木齐 836001;新疆医科大学第一附属医院妇科;新疆医科大学全科医学学院,第七临床学院
文献出处：
引用格式：
[1]徐丽秀;李金秋;马俊旗;阿仙姑·哈斯木-.宫颈和食管鳞状细胞癌组织中DNA甲基化谱分析及肿瘤标志物初步筛选)[J].山西医科大学学报,2022(01):44-50
A类：
HumanMethylation450,450k
B类：
食管鳞状细胞癌,癌组织,肿瘤标志物,初步筛选,宫颈鳞状细胞癌,甲基化标志物,Illumina,Infinium,Bead,Chips,癌旁组织,差异甲基化基因,基因本体,Ontology,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,Pathway,生物学功能,UALCAN,GEPIA,甲基化位点,肿瘤组织,异位,启动子,gene,body,UTR,基因功能,功能区,功能注释,信号传导,细胞黏附,胎骨,骨骼系统,系统形,形态发生,基因序列,列特,特异性结合,钙通道,质膜,体组成,基底膜,通路分析,黏着斑,细胞外基质,肌动蛋白,细胞骨架,选得,ITGA6,肿瘤发生,候选基因,数据库分析,共有差异基因
AB值：
0.297432
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