典型文献
综合生物信息学分析鉴定与胃癌预后相关关键基因
文献摘要：
目的 综合生物信息学方法分析识别与胃癌预后相关关键基因,探讨其能否作为胃癌预后预测的潜在生物标志物.方法 从美国高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌患者基因芯片数据集(GSE79973)并在癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获取胃癌转录组数据和相应临床资料.利用R软件中的Limma和WGCNA程序包筛选差异共表达基因.使用ClusterProfler程序包对差异共表达基因进行GO和KEGG富集分析.采用STRING数据库对差异共表达基因进行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,并用Cytoscape软件筛选关键基因.通过在线工具GEPIA2验证关键基因的转录表达情况,利用Kaplan-Meier单因素生存分析鉴定与胃癌预后相关的关键基因.最后采用RT-qPCR和免疫组化方法验证预后相关关键基因的差异表达.结果 共筛选出18个差异共表达基因,通过PPI网络分析,识别出10个关键基因(TNFRSF11B、HOXC10、HOXA10、TEAD4、GKN2、GKN1、SALL4、SGK1、ANGPT2、NKX6-2).生存分析结果显示HOXA10(P=0.014)和ANGPT2(P=0.002)的高表达可能与胃癌患者预后生存较差有关,RT-qPCR和免疫组化结果显示其在胃癌组织中高表达(P＜0.05).结论 HOXA10和ANGPT2是胃癌预后相关关键基因,可作为胃癌临床治疗和预后预测的潜在生物标志物.
文献关键词：
生物信息学;胃癌;预后;加权基因共表达网络分析;差异共表达基因
中图分类号：
作者姓名：
唐永曜;宋晶;缪诗琪;蔡璟;宋方洲
作者机构：
400016重庆,重庆医科大学基础医学院分子医学与肿瘤研究中心;400016重庆,重庆医科大学基础医学院生物信息教研室
文献出处：
引用格式：
[1]唐永曜;宋晶;缪诗琪;蔡璟;宋方洲-.综合生物信息学分析鉴定与胃癌预后相关关键基因)[J].陆军军医大学学报,2022(06):522-532
A类：
ClusterProfler,GKN2,GKN1,ANGPT2
B类：
生物信息学分析,分析鉴定,关键基因,生物信息学方法,分析识别,预后预测,潜在生物标志物,Gene,Expression,Omnibus,GEO,下载,胃癌患者,基因芯片,GSE79973,肿瘤基因,基因图谱,Cancer,Genome,Atlas,TCGA,转录组数据,Limma,WGCNA,程序包,差异共表达基因,富集分析,STRING,蛋白质相互作用,protein,interaction,PPI,Cytoscape,选关,GEPIA2,转录表达,Kaplan,Meier,生存分析,qPCR,免疫组化,方法验证,差异表达,TNFRSF11B,HOXC10,HOXA10,TEAD4,SALL4,SGK1,NKX6,预后生存,胃癌组织,加权基因共表达网络分析
AB值：
0.333564
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