典型文献
须弥葛叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
文献摘要：
[目的]揭示须弥葛叶绿体基因组中影响其密码子使用偏好和模式的因素.[方法]利用CUSP在线程序、Codon W 1.4.2、Mi-crosoft Excel、SPSS 24.0等软件,计算并分析须弥葛叶绿体基因组中52条蛋白质编码基因序列(coding sequences,CDS)的密码子使用偏性指标和碱基组成.[结果]须弥葛密码子更偏好A/U结尾的密码子.52条CDS的有效密码子数(effective number of codon,ENC)以及各项偏性指标分析结果均提示密码子偏好性较弱.相关性分析显示,ENC与GC1、GC2的相关性均不显著,但与GC3相关性极显著,表明须弥葛密码子第3位碱基组成对其密码子偏好性影响较大.通过ENC-plot、中性绘图、PR2-plot分析发现,须弥葛叶绿体基因组同义密码子使用偏好性的主要影响因素是自然选择;最后筛选出10个最优密码子UUG、CUU、UCC、UCA、CCA、ACA、GCA、UAU、CAU、AGA.[结论]该结果可为须弥葛叶绿体基因组密码子优化、遗传修饰及系统进化的相关研究提供理论依据.
文献关键词：
须弥葛;密码子偏好;最优密码子;自然选择
中图分类号：
作者姓名：
万美暄;黄显俊;李雪;徐立
作者机构：
大理大学基础医学院,云南大理 671000;大理大学药学院,云南省高校滇西道地药材资源开发重点实验室,云南大理 671000
文献出处：
引用格式：
[1]万美暄;黄显俊;李雪;徐立-.须弥葛叶绿体基因组密码子使用偏好性分析)[J].安徽农业科学,2022(21):102-107
A类：
须弥葛,同义密码子使用偏好性
B类：
叶绿体基因组,偏好性分析,中影,CUSP,在线程序,Codon,Mi,crosoft,Excel,蛋白质编码基因,基因序列,coding,sequences,CDS,密码子使用偏性,碱基组成,结尾,有效密码子数,effective,number,codon,ENC,指标分析,密码子偏好性,GC1,GC2,GC3,plot,绘图,PR2,自然选择,最优密码子,UUG,CUU,UCC,UCA,CCA,ACA,GCA,UAU,CAU,AGA,密码子优化,遗传修饰,系统进化
AB值：
0.285134
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