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辣椒基因组密码子使用偏性分析
文献摘要：
为揭示辣椒基因组密码子偏性形成的影响因素,了解密码子偏性对基因表达的影响,以辣椒基因组和转录组数据为研究内容,利用CodonW和EMBOSS等软件对基因组密码子使用偏性进行分析.分析结果显示,辣椒编码基因平均GC含量为42.27％,偏好A/T作为密码子的第3位核苷酸,基因平均ENC值偏大;GC3与GC12相关性较弱,大部分基因远离ENC-plot曲线,近50％的基因ENC比值分布在GC3s的0.05～0.15组中;发现21个最优密码子,均以T、A或G结尾,大部分最优密码子在组织器官表达数据中得到验证.表明辣椒基因密码子使用偏性较低,除碱基突变外,较多地受到物种进化和人工选择等因素的影响.研究结果可为辣椒的分子进化和遗传育种研究提供理论依据.
文献关键词：
辣椒;基因组;最优密码子;基因表达
中图分类号：
作者姓名：
刘潮;韩利红;吴丽芳;代小波;刘婕
作者机构：
云南曲靖师范学院生物资源与食品工程学院/云南省高校特色果酒技术创新与应用工程研究中心,云南曲靖655011
文献出处：
引用格式：
[1]刘潮;韩利红;吴丽芳;代小波;刘婕-.辣椒基因组密码子使用偏性分析)[J].江苏农业科学,2022(05):16-22
A类：
B类：
辣椒,密码子使用偏性,密码子偏性,解密,转录组数据,CodonW,EMBOSS,编码基因,ENC,偏大,GC12,plot,值分布,GC3s,最优密码子,结尾,组织器官,除碱,碱基突变,物种进化,人工选择,分子进化,遗传育种,育种研究
AB值：
0.341882
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