典型文献
鸡皮肤毛囊生长差异基因的生物信息学分析
文献摘要：
[目的]筛选鸡胚胎早期发育期间背部皮肤上皮和间充质中调控毛囊生长的关键基因、生物过程和信号通路,为了解鸡胚胎早期发育期间毛囊生长的分子机制提供参考.[方法]从GEO数据库中下载基因芯片GSE62882数据集,采用R语言limma包对数据集进行差异分析,分别筛选出胚胎期第7和9天皮肤上皮和间充质差异基因以及皮肤上皮和间充质共同上下调基因,通过STRING在线数据库对差异基因和共同上下调基因进行蛋白互作网络分析,用Cytoscape 3.8.2软件进行可视化,运用R语言中的clusterProfiler程序包对差异基因和共同上下调基因进行GO功能和KEGG通路富集分析.[结果]皮肤上皮在胚胎期第7和9天共筛选出626个差异基因,获得189条相互作用关系、10个生物过程和4条信号通路;皮肤间充质在胚胎期第7和9天共筛选出690个差异基因,获得326条相互作用关系、10个生物过程和3条信号通路;皮肤上皮和间充质在胚胎期第7和9天共同上调基因26个,共同下调基因48个,共同上下调基因存在34条相互作用关系,主要富集在Wnt信号通路上.[结论]本研究从鸡胚胎期第7和9天皮肤上皮和间充质中筛选到共同上调基因26个,共同下调基因48个,这些基因主要富集在Wnt信号通路上,为探究上皮和间充质在毛囊生长发育中的作用机制提供理论参考.
文献关键词：
鸡;皮肤上皮;皮肤间充质;功能注释;富集分析;Wnt信号通路
中图分类号：
作者姓名：
张豪;刘祎轩;朱慧媛;张朋威;雷艳茹;高超群;李东华;康相涛
作者机构：
河南农业大学动物科技学院,农业农村部畜禽资源(家禽)评价利用重点实验室,郑州450000
文献出处：
引用格式：
[1]张豪;刘祎轩;朱慧媛;张朋威;雷艳茹;高超群;李东华;康相涛-.鸡皮肤毛囊生长差异基因的生物信息学分析)[J].中国畜牧兽医,2022(09):3273-3282
A类：
GSE62882,皮肤间充质
B类：
鸡皮,皮肤毛囊,毛囊生长,生长差异,差异基因,生物信息学分析,鸡胚胎,胚胎早期发育,发育期,背部皮肤,皮肤上皮,关键基因,生物过程,GEO,下载,基因芯片,limma,胚胎期,同上,STRING,蛋白互作网络分析,Cytoscape,言中,clusterProfiler,程序包,通路富集分析,相互作用关系,同下,Wnt,功能注释
AB值：
0.2171
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