典型文献
基于WGCNA与GSEA方法挖掘调控中卫山羊羊毛弯曲相关基因
文献摘要：
旨在探究中卫山羊羊毛弯曲随生长发生变化的分子机制,挖掘不同发育时期影响羊毛弯曲度的关键基因.试验采集了 3只中卫山羊出生后45日龄(弯曲毛)和365日龄(直毛)的皮肤组织,进行转录组测序(RNA-seq),使用WGCNA与GSEA分析找出Hub基因.以P-value＜0.05和|log2FoldChange|≥1作为差异表达基因筛选的标准,45日龄为对照组,365日龄为试验组共筛选得到1 252个显著差异表达基因,包括812个表达上调基因和440个下调基因.基于WGCNA方法分析共得到14个模块,其中黄色和绿松石模块与被毛弯曲表型相关.利用String和Cytoscape构建网络,筛选到20个影响羊毛弯曲度的核心基因.从GSEA结果中筛选的被显著富集通路Hedgehog signaling pathway、JAK/STAT signaling pathway、TGF/BETA signaling pathway 等参与了 毛囊发育调控.综合KEGG、WGCNA、分子网络构建、GSEA分析结果,共同筛选得到基因CCL27、IL7、WNT2,推断这3个基因在调控毛囊发育中起到了关键的调控作用.本研究为进一步阐明动物毛发弯曲的分子机制提供了理论基础.
文献关键词：
中卫山羊;转录组测序;羊毛弯曲;WGCNA;GSEA
中图分类号：
作者姓名：
李晓波;刘占发;刘悦;陈倩;马月辉;赵倩君;叶绍辉
作者机构：
云南农业大学动物科学技术学院,昆明650201;中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193;宁夏回族自治区中卫山羊保种场,宁夏755000
文献出处：
引用格式：
[1]李晓波;刘占发;刘悦;陈倩;马月辉;赵倩君;叶绍辉-.基于WGCNA与GSEA方法挖掘调控中卫山羊羊毛弯曲相关基因)[J].畜牧兽医学报,2022(09):2930-2943
A类：
中卫山羊,羊毛弯曲
B类：
WGCNA,GSEA,不同发育时期,弯曲度,关键基因,出生后,日龄,皮肤组织,转录组测序,seq,Hub,value,log2FoldChange,差异表达基因,基因筛选,选得,中黄,绿松石,被毛,String,Cytoscape,建网,核心基因,富集通路,Hedgehog,signaling,pathway,JAK,STAT,TGF,BETA,毛囊发育,发育调控,分子网络,网络构建,CCL27,IL7,WNT2,毛发
AB值：
0.326728
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