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基于可变剪切事件甲状腺癌预后模型的建立及调控网络研究
文献摘要：
目的:分析甲状腺癌的可变剪切（AS）事件，探讨AS事件与甲状腺癌预后的相关性，并建立AS事件与剪接因子（SF）的调控网络。方法:分别从癌症基因图谱（TCGA）和TCGA SpliceSeq数据库下载507例甲状腺癌患者临床资料和AS事件数据，合并得到AS事件生存数据的矩阵，评估7种AS事件的发生情况。采用单因素Cox回归分析筛选与预后相关的AS事件，最小绝对值收敛和选择算子（LASSO）回归分析筛选变量避免模型过度拟合，多因素Cox回归分析构建预后模型。Kaplan-Meier 曲线和受试者工作特征（ROC）曲线对预后模型的价值和效能进行评价。利用Pearson试验分析AS事件与SF的相关性，并对SF基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果:本研究共纳入507例甲状腺癌患者，研究发现10 447个基因发生了45 150次可变剪切事件。其中ES为主要类型（38.84%），ME发生次数最少（0.51%）。单因素Cox回归筛选出1 842个与预后相关的AS事件，多因素Cox分析建立了基于USHBP1-48249-AA、CACNB1-40626-AT和BEX5-89679-AP的预后风险模型。以风险分数0.807为最佳临界值，能够很好地区分高风险和低风险组（
P<0.001，AUC=0.929）。构建的SF-AS调控网络中发现多个关键SF基因能够调控AS事件的表达，包括CDK12、RBM25、DDX39B、SRRM2和DDX46等。
结论:基于3-AS事件的模型对于评估患者预后具有较高的价值，构建的SF-AS调控网络为探讨甲状腺癌发生发展机制提供了新的思路。
文献关键词：
甲状腺肿瘤;可变剪切事件;剪接因子;预后
中图分类号：
作者姓名：
刘英杰;张守彩;岳聪博;季健;郑桂喜
作者机构：
山东大学齐鲁医院检验科，济南 250012;青岛大学附属青岛市妇女儿童医院检验科，青岛 266034
文献出处：
引用格式：
[1]刘英杰;张守彩;岳聪博;季健;郑桂喜-.基于可变剪切事件甲状腺癌预后模型的建立及调控网络研究)[J].中华检验医学杂志,2022(11):1163-1169
A类：
SpliceSeq,USHBP1,CACNB1,BEX5,RBM25,DDX39B,SRRM2,DDX46
B类：
可变剪切事件,预后模型,调控网络,剪接因子,SF,癌症基因图谱,TCGA,下载,甲状腺癌患者,件数,Cox,选择算子,LASSO,过度拟合,Kaplan,Meier,受试者工作特征,试验分析,通路分析,ES,主要类型,ME,AA,AT,AP,预后风险模型,最佳临界值,低风险组,CDK12,发展机制,甲状腺肿瘤
AB值：
0.212997
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