典型文献
基于TCGA和GEO数据库探索结肠癌肿瘤微环境中的免疫相关预后因子
文献摘要：
目的 构建和评估结肠癌预后模型,探索肿瘤免疫微环境的特征,并分析其在结肠癌的免疫治疗中的作用.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中下载结肠癌及其正常组织数据作为训练数据集,从基因表达综合数据库(Gene Expression Ominibus,GEO)中下载结肠癌及其正常组织数据作为验证数据集,从免疫学数据库和分析平台(Immunology Database and Analysis Portal,Immport)中下载免疫相关基因列表.基于以上数据集,利用生物信息学的方法构建并验证预后风险模型.另外,基于预后风险模型进行肿瘤样本分组,探讨高风险评分组和低风险评分组的肿瘤浸润水平差异、肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)和免疫检查点抑制剂相关靶点的表达水平差异.结果 构建的预后模型ROC曲线下面积(AUCROC)在3年时为0.668,4年时为0.699,5年时为0.696.此外,低风险评分与良好的预后显著相关(P<0.0001),而高风险评分与较高的肿瘤分期显著相关(P<0.05),并在验证数据集中得到进一步验证.同时,构建的列线图模型的C-index从0.63增加至0.75.基于建立的预后风险模型,高风险组的免疫治疗相关靶基因的表达水平显著升高(P<0.05),有6种免疫细胞的浸润程度在高风险组和低风险组中的差异有统计学意义(P<0.05).同时,较高的TMB与较差的预后显著相关(P<0.05).结论 构建的结肠癌预后模型在评估结肠癌患者复发风险分层、肿瘤分期等方面具有潜在的临床意义,有助于结肠癌的肿瘤免疫微环境的探索及结肠癌患者的免疫治疗.
文献关键词：
结肠癌;预后模型;肿瘤微环境;生物信息学;免疫治疗
中图分类号：
作者姓名：
操利超;巴颖;丁世涛;翁琦;卢晓萍;张核子
作者机构：
深圳市核子基因科技有限公司,广东深圳518071
文献出处：
引用格式：
[1]操利超;巴颖;丁世涛;翁琦;卢晓萍;张核子-.基于TCGA和GEO数据库探索结肠癌肿瘤微环境中的免疫相关预后因子)[J].临床检验杂志,2022(06):466-474
A类：
Ominibus,Immport
B类：
TCGA,GEO,癌肿,肿瘤微环境,预后因子,预后模型,肿瘤免疫微环境,免疫治疗,癌症基因组图谱,Cancer,Genome,Atlas,下载,正常组织,训练数据集,基因表达综合数据库,Gene,Expression,免疫学,分析平台,Immunology,Database,Analysis,Portal,免疫相关基因,列表,上数,利用生物,预后风险模型,风险评分,肿瘤浸润,肿瘤突变负荷,tumor,mutation,burden,TMB,免疫检查点抑制剂,AUCROC,肿瘤分期,列线图模型,高风险组,靶基因,免疫细胞,浸润程度,低风险组,结肠癌患者,复发风险分层
AB值：
0.279431
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