典型文献
铁死亡相关lncRNA结肠癌预后风险模型的构建及临床应用
文献摘要：
目的 基于肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库筛选铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA),建立结肠癌预后风险模型,并探讨其临床应用价值.方法 选取行结肠癌根治术的患者48例,收集术中切除的癌组织及对应的癌旁组织(距离癌组织边缘2～3 cm).从TCGA数据库中收集结肠癌的转录组数据(结肠癌组织428例、正常结肠组织41例)及对应患者的临床资料.筛选结肠癌组织与正常结肠组织差异表达的铁死亡相关基因,并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组数据库(KEGG)通路分析.筛选与结肠癌预后相关的铁死亡lncRNA,采用共识聚类分析对结肠癌患者进行分组,并比较总体生存率.采用LASSO-Cox回归分析建立预后风险模型.建立用于预测结肠癌患者总体生存率的列线图.采用细胞学实验分析关键lncRNA ITGB1-DT在结肠癌中的生物学功能.结果 从TCGA数据库中筛选出72个差异表达的铁死亡相关基因,其中表达上调47个、表达下调25个,GO和KEGG通路分析结果显示这72个基因广泛参与了铁代谢和脂肪酸氧化等生物学过程.共筛选出20个结肠癌组织与正常组织有差异的铁死亡lncRNA.根据共识聚类分析结果分组的2个结肠癌集群之间总体生存率差异有统计学意义(P<0.001).根据LASSO-Cox回归分析结果筛选出10个lncRNA,并构建预后风险模型,将428例结肠癌患者按7:3的比例随机分为训练组和验证组.在训练组、验证组和总体结肠癌患者中,高风险组的总体生存率均显著低于低风险组(P<0.001).结肠癌组织ITGB1-DT相对表达量显著高于癌旁组织(P<0.001).细胞实验结果显示,ITGB1-DT可促进结肠癌细胞的增殖并抑制其铁死亡.结论 成功构建了基于铁死亡相关lncRNA的结肠癌预后风险模型,并建立了可用于判断结肠癌患者总体生存率的列线图.ITGB1-DT或可促进结肠癌的发展.
文献关键词：
铁死亡相关长链非编码RNA;结肠癌;肿瘤基因图谱计划数据库
中图分类号：
作者姓名：
汪雨卿;张越;徐稳;崔中奇
作者机构：
上海大学计算机工程与科学学院,上海 200444;同济大学附属第十人民医院检验科,上海 200072
文献出处：
引用格式：
[1]汪雨卿;张越;徐稳;崔中奇-.铁死亡相关lncRNA结肠癌预后风险模型的构建及临床应用)[J].检验医学,2022(08):720-728
A类：
肿瘤基因图谱计划数据库
B类：
lncRNA,预后风险模型,TCGA,选铁,关长,长链非编码,临床应用价值,结肠癌根治术,中切,癌旁组织,织边,集结,转录组数据,结肠癌组织,结肠组织,组织差异表达,铁死亡相关基因,基因本体,富集分析,京都,基因组数据,通路分析,结肠癌患者,总体生存率,LASSO,Cox,列线图,细胞学实验,ITGB1,DT,生物学功能,铁代谢,脂肪酸氧化,生物学过程,正常组织,训练组,高风险组,低风险组,相对表达量,细胞实验,结肠癌细胞,细胞的增殖
AB值：
0.18302
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
