利用简并PCR技术从野生花生种(Arachis ipaensis Krapov.et W.C.Greg.)的基因组中扩增分离Ty1-copia类(1类)和Ty3-gypsy类(2类)反转录转座子RT基因,并对其序列特征、多样性、系统进化关系及转录活性进行分析.结果显示:对于1和2类RT基因,目的条带分别约为260和430 bp;分离获得了23和32条序列,长度范围分别为262～266、395～435 bp;AT所占比例分别为61.60％ ～69.17％和55.79％ ～61.34％;核苷酸序列间相似性分别为52.5％ ～98.9％和45.0％ ～98.8％,氨基酸序列间相似性分别为39.8％ ～100％和9.0％ ～97.2％.其中2类基因的异质性高于1类;1类和2类基因分别有3条和15条发生了无义突变,2类的无义突变发生率远高于1类.1类基因的保守基序保守性较高,2类的保守基序呈一定程度的变异.代表序列的蛋白质三级结构基本类似.聚类分析结果显示,1类和2类基因可被分为5个和6个家族.1类和2类基因都有部分序列与其他物种的RT基因序列亲缘关系较近,表明它们之间可能存在两类反转录转座子的横向传递.通过比对花生EST数据库,本研究发现1类有1条以及2类有7条序列为具有转录活性的反转录转座子,且2类基因比1类更具有转录活性.

花生;野生种;LTR反转录转座子;反转录酶;多样性

熊发前;刘菁;韩柱强;阳太亿;唐秀梅;唐荣华;钟瑞春;蒋菁;贺梁琼;吴海宁;黄志鹏;刘俊仙

广西农业科学院经济作物研究所, 南宁530007;广西农业科学院甘蔗研究所, 农业农村部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室, 广西甘蔗遗传改良重点实验室, 南宁530007

植物科学学报

[1]熊发前;刘菁;韩柱强;阳太亿;唐秀梅;唐荣华;钟瑞春;蒋菁;贺梁琼;吴海宁;黄志鹏;刘俊仙-.BB染色体组野生种花生LTR反转录转座子RT基因的多样性分析)[J].植物科学学报,2022(01):54-65

Krapov,Greg

BB,野生种花生,LTR,反转录转座子,多样性分析,简并,Arachis,ipaensis,et,Ty1,copia,Ty3,gypsy,序列特征,系统进化,进化关系,转录活性,条带,bp,AT,氨基酸序列,无义突变,保守基序,保守性,三级结构,本类,基因序列,亲缘关系,EST,反转录酶

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