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黄河鲤生长性状的转录组解析
文献摘要：
通过对同一实验条件下黄河鲤(Cyprinus carpio)群体中体重极大和极小的样本进行转录组测序,挖掘生长相关的基因和信号通路.基于转录组数据进行差异表达基因分析,在脑、肝和肌肉组织中分别筛选出差异表达基因6519个、499个和19个.其中,脑组织中上调基因3443个,下调基因2942个;肝组织中上调基因275个,下调基因186个;肌肉组织中上调基因6个,下调基因5个.对差异表达基因进行了功能注释和通路富集分析,定位到MAPK信号通路、胰岛素(insulin)信号转导通路、Wnt信号通路、ErbB信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节等与细胞生长、分化、代谢相关的信号通路.为了验证转录组结果的可靠性,本研究通过荧光定量PCR验证了黄河鲤脑组织中与生长密切相关的13个差异表达基因,其中mapk1、mapk7、mapk10、mapk12、wnt16、wnt8b、wnt10b显著上调(P<0.05),fgf13、ednra、notch2、tgfbr2、fgf19、lpl显著下调(P<0.05).本研究通过组学数据分析和实验验证筛选了生长相关的基因,为深入挖掘黄河鲤生长性状调控机制和分子标记辅助育种提供了研究依据.
文献关键词：
鲤;生长性状;转录组分析;差异表达基因;信号通路
中图分类号：
作者姓名：
李佩珍;许建;朱优秀;冯建新;江炎亮;张瀚元
作者机构：
上海海洋大学,水产科学国家级实验教学示范中心,上海201306;中国水产科学研究院,农业农村部水生动物基因组学重点实验室,北京100141;河南省水产科学研究院,河南郑州450044
文献出处：
引用格式：
[1]李佩珍;许建;朱优秀;冯建新;江炎亮;张瀚元-.黄河鲤生长性状的转录组解析)[J].中国渔业质量与标准,2022(02):22-31
A类：
mapk1,mapk7,mapk10,mapk12,wnt16,wnt8b,wnt10b,fgf13,ednra,notch2,tgfbr2,fgf19
B类：
黄河鲤,生长性状,实验条件,Cyprinus,carpio,极小,转录组测序,长相,转录组数据,差异表达基因分析,肌肉组织,出差,脑组织,肝组织,功能注释,通路富集分析,MAPK,insulin,信号转导通路,Wnt,ErbB,肌动蛋白,细胞骨架,细胞生长,lpl,组学数据,调控机制,分子标记辅助育种,转录组分析
AB值：
0.22797
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