黑番鸭(Cairna moschata)是优良的瘦肉型肉鸭,耐旱、耐粗饲,在养禽业中具有重要价值和特殊地位;但是就巢性强、繁殖力低,严重制约其产业发展.本研究分别采集就巢期和产蛋期各3只黑番鸭的卵巢组织,以TRIzol法提取卵巢组织总RNA,构建文库并分析2组miRNA的差异表达;随后对miRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和KEGG分析;最后通过qPCR验证高通量测序结果的可靠性.结果显示,测序产出的原始数据(raw reads)均超过11099443条,过滤后序列所占比例均高于96.15％,可用于后续分析;经比对鉴定获得344个miRNAs,包括275个已知miRNAs和69个新发现的miRNAs;与产蛋期比较,就巢期黑番鸭卵巢组织中筛选到16个差异miRNA,其中5个上调、11个下调,并预测到440个靶基因,其中生长激素促分泌素受体(growth hormone secretagogue receptor,GHSR)、卵泡抑素(follistatin,FST)等靶基因与繁殖及卵巢发育相关,推测其对应的gga-miR-16c-5p、gga-miR-146a-3p、novel_247、novel_325等miRNAs可能与黑番鸭就巢性状相关;GO富集分析表明,与繁殖发育相关的过程有染色体组织(chromosome organization)、核染色体(nuclear chromosome)、纺锤体微管(spindle microtubule)、核酸结合(DNA binding)和核苷酸激酶活性(nucleotide kinase activity)等;KEGG通路注释结果显示,234个靶基因注释到101个信号通路上,包括Wnt和胰岛素信号通路等可能与生殖细胞增殖分化及发育相关的通路.qPCR验证结果显示,上调和下调miRNAs的相对表达量变化趋势均与高通量测序结果一致.本研究筛选了黑番鸭就巢性状关键miRNAs,为从转录或转录后调控层面分析黑番鸭就巢机制、加快高产新品系的选育提供基础资料.

黑番鸭;就巢;卵巢;miRNA;靶基因

李丽;章琳俐;Nemat O.KEYHANI;辛清武;缪中纬;朱志明;邱君志;郑嫩珠

福建农林大学生命科学学院,福州363000;福建省农业科学院畜牧兽医研究所,福州350013;美国佛罗里达大学食品与农业科学研究所,盖恩斯维尔,FL 32611

农业生物技术学报

[1]李丽;章琳俐;Nemat O.KEYHANI;辛清武;缪中纬;朱志明;邱君志;郑嫩珠-.黑番鸭就巢性状差异miRNAs筛选及功能预测)[J].农业生物技术学报,2022(04):726-738

黑番鸭,Cairna,16c

就巢性,miRNAs,功能预测,moschata,瘦肉型,肉鸭,耐旱,耐粗饲,养禽业,繁殖力,就巢期,产蛋期,卵巢组织,TRIzol,取卵,建文,文库,差异表达,靶基因预测,对靶,qPCR,原始数据,raw,reads,后序,新发现,生长激素促分泌素,growth,hormone,secretagogue,receptor,GHSR,卵泡抑素,follistatin,FST,卵巢发育,gga,5p,146a,3p,novel,富集分析,有染,chromosome,organization,nuclear,纺锤体,微管,spindle,microtubule,binding,激酶活性,nucleotide,kinase,activity,基因注释,Wnt,胰岛素信号通路,生殖细胞,细胞增殖分化,相对表达量,转录后调控,新品系,选育,基础资料

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