典型文献
基于生物信息学分析CDH6基因在胃癌组织中的表达及临床意义
文献摘要：
目的:钙粘附素家族成员cadherin-6(CDH6)异常激活与多种癌症的发生发展密切相关,本研究利用生物信息学技术分析CDH6在胃癌中的表达情况及功能.方法:从癌症基因组图谱-胃腺癌(TCGA-STAD)数据集获得RNA转录本数据及临床数据,比较不同分组间CDH6的表达水平.使用Cox回归分析和Kaplan-Meier法评估CDH6表达对胃癌预后的意义.使用cBioPortal筛选TCGA-STAD中与CDH6共表达的基因并对其进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.使用基因集富集分析(GSEA)分析与CDH6表达相关的标志基因集.使用CIBERSOR T和TIMER分析CDH6与免疫细胞浸润和免疫相关基因之间的相关性.结果:CDH6在胃癌中高表达并与胃癌的恶性程度呈正相关.CDH6高表达是胃癌不良预后的独立危险因素,与较差的总生存期相关.胃癌中CDH6功能富集主要与肿瘤的浸润、转移相关,标志基因集富集主要与上皮间充质转化相关.胃癌中CDH6的表达与多种免疫细胞及免疫相关基因相关.结论:CDH6的表达可能被多种免疫细胞释放的炎症因子所调控,进而通过EMT过程在胃癌的发生发展中发挥作用,是胃癌潜在的不良预后标志物和免疫治疗靶点基因.
文献关键词：
CDH6;上皮间充质转化;胃癌;TCGA
中图分类号：
作者姓名：
孟静静;崔敏;周而乐;李红;曹璋
作者机构：
滨州医学院病理学教研室,山东 滨州 256603;滨州市人民医院小儿科,山东 滨州 256600
文献出处：
引用格式：
[1]孟静静;崔敏;周而乐;李红;曹璋-.基于生物信息学分析CDH6基因在胃癌组织中的表达及临床意义)[J].科技视界,2022(11):9-12
A类：
CDH6,CIBERSOR
B类：
生物信息学分析,胃癌组织,粘附,cadherin,研究利用,利用生物,生物信息学技术,癌症基因组图谱,胃腺癌,TCGA,STAD,转录本,临床数据,Cox,Kaplan,Meier,cBioPortal,共表达,基因本体,京都基因与基因组百科全书,基因集富集分析,GSEA,标志基因,TIMER,免疫细胞浸润,免疫相关基因,恶性程度,不良预后,总生存期,功能富集,移相,上皮间充质转化,细胞释放,EMT,预后标志物,免疫治疗,治疗靶点,靶点基因
AB值：
0.259496
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