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石榴ATG基因家族鉴定及其在非生物胁迫下的表达模式分析
文献摘要：
利用生物信息学方法,从石榴(Punica granatum Linn.)品种'突尼斯'('Tunisia')基因组中鉴定自噬相关基因(ATG)家族成员,并对其蛋白质理化性质、染色体定位、基因结构、系统进化、共线关系和表达模式进行了分析.结果表明:从石榴基因组中共鉴定出58个ATG基因,定位在8条染色体上.58个石榴ATG家庭成员可分为6个亚族.58个石榴ATG基因中3对基因存在共线关系;石榴与拟南芥〔Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.〕和葡萄(Vitis vinifera Linn.)ATG基因家族成员间分别存在45和41对共线关系.转录组数据挖掘显示:PgVTI12b-1、PgATG1b-1、PgATG8h-1、PgATG8c-2和PgATG8c-35个基因在ABA缓解干旱胁迫的响应中差异表达;NaCl胁迫下,石榴根和叶中分别有11和8个ATG基因差异表达,且PgATG6b、PgTORb和PgATG1b-2基因在根和叶中均差异表达.实时荧光定量PCR验证发现石榴ATG基因的表达模式与转录组结果基本一致.综合分析结果表明:PgVTI12b-1、PgATG1b-1、PgATG8h-1、PgATG8c-2和PgATG8c-3基因参与石榴叶对ABA缓解干旱胁迫的响应,而PgATG6b、PgTORb和PgATG1b-2基因则同时参与石榴根和叶对NaCl胁迫的响应.
文献关键词：
石榴;自噬相关基因(ATG);基因家族鉴定;非生物胁迫;表达模式
中图分类号：
作者姓名：
刘司瑜;林艺灵;王令宇;夏家欣;杨毓贤;房经贵;王晨;上官凌飞
作者机构：
南京农业大学园艺学院 江苏省果树品种改良与种苗繁育工程中心,江苏 南京210095
文献出处：
引用格式：
[1]刘司瑜;林艺灵;王令宇;夏家欣;杨毓贤;房经贵;王晨;上官凌飞-.石榴ATG基因家族鉴定及其在非生物胁迫下的表达模式分析)[J].植物资源与环境学报,2022(05):37-49
A类：
Heynh,PgVTI12b,PgATG1b,PgATG8h,PgATG8c,PgATG6b,PgTORb
B类：
基因家族鉴定,非生物胁迫,表达模式分析,利用生物,生物信息学方法,Punica,granatum,Linn,突尼斯,Tunisia,自噬相关基因,染色体定位,基因结构,系统进化,共线,家庭成员,拟南芥,Arabidopsis,thaliana,Vitis,vinifera,别存,转录组数据,ABA,干旱胁迫,NaCl,基因差异表达,均差,石榴叶
AB值：
0.223351
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