典型文献
基于生物信息学的结肠癌关键基因及中药活性成分筛选
文献摘要：
目的 通过生物信息学方法筛选结肠癌关键基因表达并进行验证,筛选潜在的中药活性成分.方法 从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中获取结肠癌和正常组织基因芯片,使用GEO2R在线工具及Rstudio软件筛选出差异表达基因(DEGs),对筛选出来的DEGs,用DAVID网站进行基因本体论(gene ontology,GO)功能分析和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,用STRING网站()及Cytoscape软件对DEGs进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析并筛选出关键基因,使用GPEPIA数据库对关键基因进行验证,并通过生存曲线分析肿瘤中关键基因表达水平与总体生存率的关系.最后将验证后的基因输入比较毒理基因组学数据库(Comparative Toxicogenomics Database),筛选相关中药活性成分后进行分子对接验证.结果 GEO数据库4个基因数据集(GSE37182、GSE44861、GSE74602、GSE23878)经GO功能分析、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytoscape软件分析后,筛选出4个Hub(IL1B、AURKA、CXCL2、THBS2)进行生存分析,IL1B、AURKA、CXCL2、THBS2与结肠癌总体生存率相关(均P<0.05).CTD数据库筛选得白藜芦醇、槲皮素、姜黄素、柚皮素、长春新碱、鱼藤酮、齐墩果酸和小白菊内酯等活性成分,分子对接结果显示,所筛选的活性成分与其相应靶点蛋白结合性能良好.结论 IL1B、AURKA、CXCL2和THBS2基因可能对结肠癌的发展和预后存在一定影响,小白菊内酯等活性成分可为下一步的实验提供思路.
文献关键词：
结肠肿瘤;生物标志物;计算生物学;中药
中图分类号：
作者姓名：
王晓虎;沈朝壮;徐成刚;王玉松;汪兴文;谢海棠
作者机构：
皖南医学院研究生学院,芜湖 241002;皖南医学院临床医学院,芜湖 241002;皖南医学院弋矶山医院安徽省药物评价中心,芜湖 241000
文献出处：
引用格式：
[1]王晓虎;沈朝壮;徐成刚;王玉松;汪兴文;谢海棠-.基于生物信息学的结肠癌关键基因及中药活性成分筛选)[J].中国药物与临床,2022(07):614-617,前插1,前插2
A类：
GPEPIA,GSE37182,GSE44861,GSE23878
B类：
结肠癌,中药活性成分,活性成分筛选,生物信息学方法,关键基因表达,Gene,Expression,Omnibus,正常组织,基因芯片,GEO2R,Rstudio,出差,差异表达基因,DEGs,DAVID,基因本体论,ontology,功能分析,kyoto,encyclopedia,genes,genomes,通路富集分析,STRING,Cytoscape,蛋白相互作用,PPI,生存曲线分析,基因表达水平,总体生存率,毒理基因组学,基因组学数据库,Comparative,Toxicogenomics,Database,选相,分子对接,基因数据,GSE74602,Hub,IL1B,AURKA,CXCL2,THBS2,生存分析,率相关,CTD,选得,白藜芦醇,槲皮素,姜黄素,柚皮素,长春新碱,鱼藤酮,齐墩果酸,小白菊内酯,靶点蛋白,蛋白结合,结合性能,结肠肿瘤,生物标志物,计算生物学
AB值：
0.361171
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