典型文献
基于GEO数据库基因表达数据探索影响卵巢癌患者预后及临床分期的基因
文献摘要：
目的 利用基因表达综合征(gene expressed omnibus,GEO)公共数据库筛选与卵巢癌分期相关的基因,并分析其临床意义.方法 从GEO数据库的数据集GSE9891中筛选与临床分期相关差异基因,通过DAVID数据库对差异基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析.并且通过肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)对差异基因进行验证.结果 分析数据集GSE9891得到23个与临床分期相关差异基因;GO富集分析发现有效靶基因参与胶原组织和细胞外基质合成;KEGG通路富集分析发现主要通过类固醇合成信号通路影响卵巢癌进展过程.临床分期相关差异基因在TCGA数据库中验证得到LUM、COL11A1、IGF1、TIMP3、COL10A1、FAP、COL8A1、EPYC、SFRP2、FABP4与临床分期相关(P<0.05,|log2FC|>1.5),其中COL8A1、COL11A1、COL10A1、FABP4和SFRP2等五个基因与卵巢癌的预后相关(P<0.05).结论 COL8A1、COL11A1、COL10A1、FABP4和SFRP2可能是影响卵巢癌进展的生物标志物.
文献关键词：
卵巢癌;临床分期;基因本体论;通路富集分析;预后
中图分类号：
作者姓名：
侯娟;蒋树立;滕长财
作者机构：
滨州医学院附属医院检验科,山东滨州256603
文献出处：
引用格式：
[1]侯娟;蒋树立;滕长财-.基于GEO数据库基因表达数据探索影响卵巢癌患者预后及临床分期的基因)[J].右江医学,2022(03):176-180
A类：
GSE9891,EPYC,SFRP2
B类：
GEO,基因表达数据,数据探索,卵巢癌患者,临床分期,expressed,omnibus,公共数据库,差异基因,DAVID,基因本体论,ontology,百科全书,Kyoto,encyclopedia,genes,genomes,肿瘤基因组图谱,cancer,atlas,TCGA,靶基因,细胞外基质,通路富集分析,类固醇,LUM,COL11A1,IGF1,TIMP3,COL10A1,FAP,COL8A1,FABP4,log2FC,生物标志物
AB值：
0.295834
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