典型文献
结直肠癌患者错配修复缺陷相关预后基因的筛选
文献摘要：
目的:探索结直肠癌患者中高微卫星不稳定性(MSI-H)相关的关键预后基因。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库纳入377例结直肠癌患者，筛选MSI-H和错配修复稳定(MSS)患者的差异表达基因(阈值为错误发现率<0.05且倍数差异>2)，并对其进行富集分析(错误发现率<0.05)。利用Pearson相关分析构建基因共表达网络(R>0.4且
P<0.05)，并筛选枢纽基因。通过Cox回归进一步筛选出肿瘤组织中高表达的关键预后基因(
P<0.05)，采用单细胞测序分析验证关键基因表达及与MSI-H的关系。不同患者组间的基因表达差异采用
t检验。
结果:共筛选出558个MSI-H相关基因，811个MSS相关基因。富集分析显示MSI-H相关基因主要参与炎症及免疫应答。通过网络分析及Cox回归，鉴定出3个MSI-H显著相关的预后关键基因，即GJB5、TNNT1和KRT16。其在结直肠癌肿瘤组织中高表达，且在转移性患者中对总生存期的风险比分别为1.4(
P<0.05)，1.5(
P<0.01)和1.7(
P<0.01)。在单细胞测序数据中，同样发现GJB5、TNNT1和KRT16在肿瘤细胞和MSI-H患者细胞中高表达。
结论:GJB5、TNNT1、KRT16为MSI-H结直肠癌患者高表达的显著不良预后关键基因。
文献关键词：
结直肠癌;错配修复;RNA测序;单细胞测序
中图分类号：
作者姓名：
陶浩冉;钟攀益;陈婷娜;周丽平;熊斌
作者机构：
武汉大学中南医院胃肠外科 肿瘤生物学行为湖北省重点实验室 湖北省肿瘤医学临床研究中心 430071
文献出处：
引用格式：
[1]陶浩冉;钟攀益;陈婷娜;周丽平;熊斌-.结直肠癌患者错配修复缺陷相关预后基因的筛选)[J].中华实验外科杂志,2022(06):1154-1156
A类：
GJB5,KRT16
B类：
结直肠癌患者,错配修复缺陷,预后基因,微卫星不稳定性,MSI,癌症基因组图谱,TCGA,库纳,MSS,差异表达基因,错误发现率,倍数,富集分析,基因共表达网络,枢纽基因,Cox,肿瘤组织,单细胞测序,测序分析,分析验证,关键基因表达,基因表达差异,免疫应答,TNNT1,癌肿,转移性,总生存期,风险比,序数,肿瘤细胞,不良预后
AB值：
0.21717
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