典型文献
应用生物信息学方法鉴定食管鳞状细胞癌生物标志物
文献摘要：
目的 采用生物信息学方法鉴定与食管鳞状细胞癌(ESCC)相关的生物标志物,为ESCC诊断和靶向治疗提供依据.方法 从GEO数据库筛选并下载基因芯片数据集GSE23400、GSE45670、GSE20347和GSE17351,使用在线分析工具GE02R筛选ESCC的差异表达基因(DEGs),并采用韦恩图确定4个数据集共同的DEGs.通过DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;采用STRING数据库进行蛋白相互作用(PPI)分析,采用Cytoscape软件的MCODE插件识别关键模块;采用CytoHubba插件筛选连接度最高的关键基因,并通过UALCAN平台进行表达验证;采用Kaplan-Meier plotter数据库对关键基因进行生存分析.结果 共获得146个共同DEGs,包括102个上调基因和44个下调基因.GO功能注释分析显示,共同DEGs主要参与细胞周期过程、有丝分裂后期姐妹染色单体分离和细胞周期调控过程,存在于纺锤体、中心体细胞组分,发挥酶结合和腺苷三磷酸(ATP)结合的分子功能.KEGG通路分析显示基因显著富集于细胞周期、ECM-受体相互作用和卵母细胞减数分裂.筛选出10个关键基因,经基因表达水平验证和生存分析,有7个基因与ESCC预后有关,分别为CCNB1、CDK1、BUB1B、ZWINT、AURKA、MAD2L1和MCM4,且均在ESCC组织中表达升高.结论 通过生物信息学方法鉴定获得ESCC的7个关键基因,可作为ESCC潜在生物标志物和治疗靶点.
文献关键词：
食管鳞状细胞癌;生物信息学;生物标志物;差异表达基因
中图分类号：
作者姓名：
张玉俊;王岩;地力亚尔·吾斯曼江;刘广超;聂艳武;朱琳
作者机构：
新疆医科大学公共卫生学院,新疆乌鲁木齐830054;新疆医科大学附属肿瘤医院,新疆乌鲁木齐830011
文献出处：
引用格式：
[1]张玉俊;王岩;地力亚尔·吾斯曼江;刘广超;聂艳武;朱琳-.应用生物信息学方法鉴定食管鳞状细胞癌生物标志物)[J].预防医学,2022(09):906-913
A类：
GSE45670
B类：
生物信息学方法,食管鳞状细胞癌,ESCC,靶向治疗,GEO,下载,基因芯片,GSE23400,GSE20347,GSE17351,在线分析工具,GE02R,差异表达基因,DEGs,韦恩图,DAVID,基因本体论,功能注释,京都基因与基因组百科全书,通路分析,STRING,蛋白相互作用,PPI,Cytoscape,MCODE,插件,别关,CytoHubba,连接度,关键基因,UALCAN,Kaplan,Meier,plotter,生存分析,共获,细胞周期,有丝分裂,姐妹,周期调控,纺锤体,心体,体细胞,腺苷三磷酸,ATP,ECM,卵母细胞,减数分裂,基因表达水平,CCNB1,CDK1,BUB1B,ZWINT,AURKA,MAD2L1,MCM4,组织中表达,潜在生物标志物,治疗靶点
AB值：
0.405971
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