典型文献
透明细胞肾细胞癌预后标志物的生物信息学筛选和鉴定
文献摘要：
目的 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)是肾细胞癌的主要亚型,恶性程度高,预后差.应用生物信息学的方法,筛选并鉴定出ccRCC的预后标志物.方法 利用基因表达数据库(GEO)中的3个基因数据集(GSE6344、GSE53757和GSE66270)筛选出ccRCC组织与相邻正常组织间的差异表达基因(DEGs),利用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析对差异表达基因进行功能分析.用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异表达基因蛋白之间相互作用网络并获取枢纽基因.利用UALCAN和GEPIA数据库对枢纽基因进一步筛选,获得与ccRCC预后相关的基因.利用GEPIA、UALCAN、CPTAC和HPA等数据库网站对候选基因进行mRNA和蛋白水平验证.结果 经过筛选,共获得了163个在透明细胞肾癌组织和癌旁组织中表达量有明显差异的基因.通过进一步筛选及分析发现,与癌旁正常组织相比,ccRCC患者癌组织中果糖-1,6-二磷酸醛缩酶B(ALDOB)、溶质载体家族34成员A1(SLC34A1)、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶1(PCK1)和重组人脂肪酸结合蛋白1(FABP1)等基因的mRNA和蛋白表达量均显著下调.这些基因的低表达水平与ccRCC患者的总生存期和无病生存期不良有关.结论 ALDOB、SLC34A1、PCK1和FABP1在ccRCC癌组织中表达下调,可能成为判断患者预后的标志物.
文献关键词：
透明细胞肾细胞癌;生物信息学分析;果糖-1;6-二磷酸醛缩酶B;溶质载体家族34成员A1;磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶1;重组人脂肪酸结合蛋白1
中图分类号：
作者姓名：
余祖虎;陆斌;高鸿;梁荣芳;刘京平;向五星
作者机构：
中国科学院大学深圳医院(光明)泌尿外科,广东 深圳 518107
文献出处：
引用格式：
[1]余祖虎;陆斌;高鸿;梁荣芳;刘京平;向五星-.透明细胞肾细胞癌预后标志物的生物信息学筛选和鉴定)[J].社区医学杂志,2022(14):775-783
A类：
GSE6344,GSE66270,SLC34A1
B类：
透明细胞肾细胞癌,预后标志物,ccRCC,恶性程度,基因表达数据库,GEO,基因数据,GSE53757,正常组织,差异表达基因,DEGs,基因本体论,京都基因与基因组百科全书,通路分析,功能分析,STRING,Cytoscape,软件构建,白之,相互作用网络,枢纽基因,UALCAN,GEPIA,CPTAC,HPA,候选基因,过筛,共获,肾癌,癌组织,癌旁组织,组织中表达,果糖,二磷酸,ALDOB,溶质载体,烯醇,丙酮酸,PCK1,组人,脂肪酸结合蛋白,FABP1,低表达,总生存期,无病生存期,生物信息学分析
AB值：
0.268355
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
