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钩藤属植物分子鉴定的DNA条形码筛选
文献摘要：
目的 应用分子生物学鉴定技术,筛选出应用于鉴定钩藤属物种的最佳DNA条形码,建立快速、准确、便捷的钩藤属植物鉴定方法.方法 从广东、广西等地收集了8个钩藤属物种的叶片、茎枝作为材料,共计44份样品.提取样品总DNA,分别对条形码ITS、matK、psbA-trnH、rbcL、trnL-trnF序列进行扩增、测序、拼接、校对;利用MEGA7.0分析比对序列特征;基于TaxonDNA计算种内、种间的遗传距离以分析barcoding gap及Best Match、Best Close Match评估DNA条形码的鉴别能力;使用MEGA7.0、Phylosuite等软件构建单条形码及组合条形码的最大似然法(maximum likelihood,ML)、最大简约法(maximum parsimony,MP)、贝叶斯推断法(bayesian inference,BI)系统发育树.结果 条形码 ITS、matK、psbA-trnH、rbcL、trnL-trnF序列均扩增成功且具有较高的测序成功率,其中psbA-trnH具有最多的变异位点,ITS次之,rbcL最少;Best Match、Best Close Match与Barcoding gap分析结果显示:5个单一条形码中,ITS鉴定钩藤属物种效果突出且具有明显的Barcoding gap,而组合条形码ITS+rbcL序列表现更为优异.基于所有单一条形码构建的系统发育树,ITS序列的物种鉴别成功率最高,能够准确鉴定8个钩藤属物种;基于组合条形码构建的系统发育树,ITS+rbcL序列具有最高的平均节点支持率,且该序列集包含的11个钩藤属物种均能单独聚为一支.结论 应用ITS+rbcL的序列组合能够实现钩藤属不同物种的准确鉴定.
文献关键词：
钩藤属;DNA条形码;物种鉴定;ITS;rbcL;TaxonDNA;系统发育分析
中图分类号：
作者姓名：
蔡一鸣;代江鹏;郑雨欣;任英毅;陈浩明;冯婷婷;高晓霞;朱爽
作者机构：
广东药科大学生命科学与生物制药学院广东省生物技术候选药物研究重点实验室,广东广州510006;广东药科大学药学院 广东广州510006
文献出处：
引用格式：
[1]蔡一鸣;代江鹏;郑雨欣;任英毅;陈浩明;冯婷婷;高晓霞;朱爽-.钩藤属植物分子鉴定的DNA条形码筛选)[J].中草药,2022(06):1828-1837
A类：
TaxonDNA,Phylosuite,parsimony,ITS+rbcL
B类：
钩藤属植物,分子鉴定,条形码,分子生物学鉴定,鉴定技术,鉴定方法,matK,psbA,trnH,trnL,trnF,拼接,校对,MEGA7,序列特征,种内,种间,遗传距离,barcoding,gap,Best,Match,Close,鉴别能力,软件构建,单条,最大似然法,maximum,likelihood,ML,简约,约法,MP,贝叶斯推断,bayesian,inference,BI,系统发育树,变异位点,Barcoding,序列表,物种鉴别,别成,支持率,物种鉴定,系统发育分析
AB值：
0.25682
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