典型文献
利用生物信息学探讨IL-8在慢性阻塞性肺疾病中异常表达及其相关基因的功能
文献摘要：
目的 利用生物信息学的方法探究IL-8在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的差异表达机制及其相关基因的功能.方法 使用基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)筛选慢阻肺患者和正常对照样本的mRNA、miRNA和lncRNA的表达数据;独立样本秩和检验比较IL-8的表达差异;基因富集分析(gene set enrichment analy-sis,GSEA)与IL-8表达相关的正负相关基因;通过预测IL-8相关的差异miRNA和差异lncRNA绘制IL-8-miR-NA-lncRNA环状网络;利用String构建差异基因网络并利用MCODE筛选蛋白互作网络中的关键基因;利用R软件的clusterProfiler包对IL-8正负表达相关基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析.结果 IL-8在慢阻肺患者中高表达;基因富集分析发现IL-8相关的正负相关基因富集在细胞转化和一些受体信号通路上;通过IL-8-miRNA-lncRNA环状网络发现lncRNA中SNHG5、MALAT1通过SNHG5/MALAT1-miR-32-5p-IL-8轴调控IL-8与慢阻肺的疾病相关;Go和Kegg通路富集在蛋白乙酰转移酶/组蛋白脱乙酰酶、PI3K-Akt通路、TNF-α/IL-17信号通路等信号通路中.结论 IL-8可能作为治疗慢阻肺的靶点,有望通过调控IL-8及其相关通路以调节糖皮质激素抵抗、抑制炎症反应而治疗慢性阻塞性肺疾病.
文献关键词：
生物信息学;慢性阻塞性肺疾病;独立样本秩和检验;GSEA基因富集分析;基因本体论(GO);京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG);正负相关基因
中图分类号：
作者姓名：
张平安;高娜;陈明哲;李潇宁;纪国超;吴建军
作者机构：
北京中医药大学第三附属医院,北京100029;河南中医药大学,河南郑州450046
文献出处：
引用格式：
[1]张平安;高娜;陈明哲;李潇宁;纪国超;吴建军-.利用生物信息学探讨IL-8在慢性阻塞性肺疾病中异常表达及其相关基因的功能)[J].广东药科大学学报,2022(03):98-105
A类：
正负相关基因,Kegg
B类：
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AB值：
0.276102
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