典型文献
网络药理学常见不同富集方法比较研究——以当归补血汤治疗贫血为例
文献摘要：
目的:以当归补血汤治疗贫血为例比较常见网络药理学不同富集方法的差异,并对当归补血汤的活性成分和核心靶点进行分子对接,为后续网络药理学研究提供参考.方法:从TCMSP数据库、UniProt数据库、Gene Cards数据库获取当归补血汤活性成分、作用靶点及贫血相关靶点,用在线Venny 2.1.0平台对活性成分作用靶点和贫血靶点取交集,用Cytoscape 3.7.1绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络.交集靶点导入STRING蛋白互作数据库构建PPI网络,取DC值的2倍中位数得到核心靶点.使用AutoDock软件对活性成分和核心靶点进行分子对接、验证成分和靶点的结合性.用Metascape数据库、DAVID数据库、Cyto-scape软件的GlueGO插件及R语言的"clusterProfiler"程序包对核心靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,取KEGG通路分析结果前20条信号通路进行比较.结果:当归补血汤活性成分共22个,对应靶点212个,与疾病靶点相交共167个;"DC≥53"的核心靶点43个,PPI网络中排名靠前的靶点AKT1、VEGFA、TP53、IL-6、CASP3、TP53;活性成分MOL000211(白桦脂酸)与各靶点的结合活性均为最优;4个数据库富集的前20条通路中,9条通路是4种方法共有通路,6条通路是3种方法共有通路,8条通路是2种方法共有通路,其余10条通路均为单一方法富集得到的通路.结论:经典方剂当归补血汤通过多成分、多靶点、多通路治疗贫血病症;4种不同富集方法得到的信号通路有重合也存在差异.为提高网络药理学在后续实验研究的指导性,建议多种富集方法联用取交集.
文献关键词：
网络药理学;当归补血汤;贫血;KEGG通路分析;GO功能富集分析
中图分类号：
作者姓名：
王颖;台安宁;吴国泰;邵晶;王瑞琼;段海婧;任远;杜丽东
作者机构：
甘肃中医药大学,甘肃 兰州730000;甘肃省中药药理与毒理学重点实验室,甘肃 兰州730000
文献出处：
引用格式：
[1]王颖;台安宁;吴国泰;邵晶;王瑞琼;段海婧;任远;杜丽东-.网络药理学常见不同富集方法比较研究——以当归补血汤治疗贫血为例)[J].中国医药导刊,2022(04):398-405
A类：
GlueGO,MOL000211
B类：
网络药理学,富集方法,方法比较,当归补血汤,活性成分,核心靶点,分子对接,药理学研究,TCMSP,UniProt,Gene,Cards,作用靶点,Venny,成分作用,Cytoscape,制药,交集靶点,STRING,蛋白互作,作数,数据库构建,PPI,DC,中位数,AutoDock,证成,结合性,Metascape,DAVID,插件,clusterProfiler,程序包,基因本体论,ontology,京都基因与基因组百科全书,kyoto,encyclopedia,genes,genomes,通路分析,相交,中排,AKT1,VEGFA,TP53,CASP3,白桦脂酸,结合活性,法共,经典方剂,多成分,多靶点,多通路,贫血病,病症,功能富集分析
AB值：
0.297791
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