典型文献
新型冠状病毒Omicron变异株密码子偏爱性及其进化分析
文献摘要：
目的 分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株各蛋白密码子偏爱性的变化,探索Omicron与其他关切变异株(Variant of Concern,VOC)密码子偏爱性的差异及进化关系.方法 从NCBI SARS-CoV-2数据库中收集标准株Wuhan-Hu-1及5种VOC全基因组编码序列,使用EMBOSS子程序CUSP、MEG A 11.0、Codon W等分析软件进行相关密码子偏爱性数据的计算,通过SigmaPlot 14.0、SPSS22.0等软件进行数据统计分析并绘图.结果 Omicron变异株ENC均值为46.05±7.80,其S、E、ORF1ab、ORF1a蛋白编码基因密码子较其他VOC使用偏性减弱.相比Wuhan-Hu-1,Omicron关键蛋白RSCU与人类基因密码子更接近.基于密码子使用偏性的聚类分析结果显示,Omicron毒株S、ORF1a蛋白密码子与其他VOC毒株变异最大.结论 新现Omicron变异株S、ORF1ab等关键蛋白的密码子偏爱性减弱,密码子使用模式较Wuhan-Hu-1 更接近人类基因,可能是其感染效率增加的原因.
文献关键词：
SARS-CoV-2;Omicron变异株;聚类分析;系统发育;密码子偏爱性
中图分类号：
作者姓名：
李亚飞;罗春雨;石哲芳;刘奇
作者机构：
大理大学基础医学院病原生物学综合实验室,大理671000
文献出处：
引用格式：
[1]李亚飞;罗春雨;石哲芳;刘奇-.新型冠状病毒Omicron变异株密码子偏爱性及其进化分析)[J].中国人兽共患病学报,2022(07):559-565,576
A类：
密码子偏爱性
B类：
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AB值：
0.299175
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