典型文献
基于转录组分析垂丝海棠响应盐碱胁迫的分子机制
文献摘要：
以干旱盐碱生境苹果属垂丝海棠(Malus halliana Koehen)为试验材料,通过RNA-Seq测序筛选响应盐碱复合胁迫的差异表达基因,为苹果砧木耐盐碱性机制提供理论依据.以正常供水(Hoagland营养液)为对照,进行混合盐碱胁迫(Hoagland营养液+100 mmol·L-1 NaCl+ NaHCO3)处理,RNA-Seq测序筛选差异表达基因(differentially expression gene,DEG),并对DEG进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能富集分析.应用实时荧光定量qRT-PCR对主要通路的DEG表达模式进行验证.共鉴定出16246个DEG,其中上调7268个,卞调8978个.GO分析表明,在遭受盐碱胁迫时生物过程、细胞组分和分子功能3个方面均存在较大差异.KEGG聚类分析显示,参与信号传导、碳代谢、氨基酸合成及次生代谢等相关的DEG在响应胁迫中具有关键作用,且主要集中在钙信号通路、植物激素信号传导、苯丙氨酸代谢、类胡萝卜素的合成等过程.对上述主要通路的20个DEG表达模式的qRT-PCR检测结果与RNA-seq结果类似.其中天门冬氨酸氨基转移酶(aspartate aminotransferase,GOT1)、抗坏血酸还原酶(NADH)、查尔酮异构酶(chalcone isomerase,CHI)、β-胡萝卜素羟化酶(CrtZ)基因在盐碱胁迫过程中表达量显著升高.垂丝海棠叶片对盐碱胁迫的耐受能力主要与基因对胁迫的响应程度相关,调控基因表达涉及钙信号通路、植物激素信号传导、氨基酸生物合成、类胡萝卜素生物合成等次生代谢物途径.
文献关键词：
垂丝海棠;盐碱胁迫;转录组学分析;差异基因表达
中图分类号：
作者姓名：
张瑞;张夏燚;赵婷;王双成;张仲兴;刘博;张德;王延秀
作者机构：
甘肃农业大学园艺学院,兰州730070
文献出处：
引用格式：
[1]张瑞;张夏燚;赵婷;王双成;张仲兴;刘博;张德;王延秀-.基于转录组分析垂丝海棠响应盐碱胁迫的分子机制)[J].园艺学报,2022(02):237-251
A类：
halliana,Koehen,CrtZ
B类：
转录组分析,垂丝海棠,生境,苹果属,Malus,Seq,盐碱复合胁迫,差异表达基因,苹果砧木,耐盐碱性,供水,Hoagland,营养液,混合盐碱胁迫,+100,NaCl+,NaHCO3,differentially,expression,gene,DEG,ontology,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,功能富集分析,qRT,表达模式,生物过程,碳代谢,氨基酸合成,钙信号通路,植物激素,激素信号传导,苯丙氨酸,酸代谢,类胡萝卜素,seq,果类,中天,天门冬氨酸氨基转移酶,aspartate,aminotransferase,GOT1,抗坏血酸,还原酶,NADH,查尔酮异构酶,chalcone,isomerase,CHI,羟化酶,耐受能力,力主,响应程度,调控基因,生物合成,次生代谢物,转录组学分析,差异基因表达
AB值：
0.315371
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