典型文献
甘薯交替氧化酶基因家族生物信息学与表达分析
文献摘要：
为分离甘薯[Ipomoea batatas(L.)Lam.]交替氧化酶(AOX)基因家族成员,分析其在甘薯应答生物和非生物胁迫中的响应模式,本试验在筛选甘薯基因组的基础上,进行基因克隆和测序,最终从心香甘薯中获得3个AOX基因家族成员.基因结构分析结果表明,3个甘薯AOX基因的cDNA全长依次为963、1 080和1 032 bp,分别编码320、359和343个氨基酸,均含4个外显子和3个内含子,将其分别命名为IbAOX1a(GenBank 登录号:MT992313)、IbAOX1b(GenBank 登录号:MT992314)和 IbAOX2(GenBank 登录号:MG450566.1).蛋白同源性分析结果显示,甘薯AOX蛋白序列在C端十分保守,仅在N端有较小差异,且序列中都存在特有的EXXH、FXHR和EEE-Y铁离子结合保守结构域.亚细胞定位预测结果表明该基因家族成员主要定位在线粒体.蛋白质二级结构预测表明,该基因家族成员主要以α-螺旋、β-转角、延伸链和不规则卷曲为主.实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析结果表明,IbAOXs基因的表达具有组织特异性,IbAOX1a在叶片中表达最高,IbAOX1b 和 IbAOX2在块根中高表达,IbAOX1a和IbAOX2在花蕾中几乎不表达.IbAOX1a和IbAOX1b在低温、干旱和盐胁迫的幼苗中均表达上调.IbAOX1a在低温块根中的表达高峰显著高于IbAOX1b,而在腐皮镰刀菌(Fusarium solani)侵染的块根中IbAOX1b的表达量显著高于IbAOX1a.无论在甘薯幼苗或块根中,IbAOX2对各种胁迫都没有响应,呈现组成型表达模式.本研究为甘薯AOX基因的功能挖掘及甘薯抗逆品种筛选提供了一定的理论依据.
文献关键词：
甘薯;交替氧化酶;生物信息学分析;表达分析;胁迫
中图分类号：
作者姓名：
周淑倩;陈璐;陈惠云;李永新;陈刚;陆国权;杨虎清
作者机构：
浙江农林大学农业与食品科学学院,浙江临安 311300;宁波市农业科学研究院农产品加工研究所,浙江宁波 315040
文献出处：
引用格式：
[1]周淑倩;陈璐;陈惠云;李永新;陈刚;陆国权;杨虎清-.甘薯交替氧化酶基因家族生物信息学与表达分析)[J].核农学报,2022(02):270-281
A类：
IbAOX1a,MT992313,IbAOX1b,MT992314,IbAOX2,MG450566,EXXH,FXHR,IbAOXs
B类：
甘薯,交替氧化酶,酶基因,基因家族,表达分析,Ipomoea,batatas,Lam,非生物胁迫,响应模式,基因克隆,心香,基因结构,cDNA,全长,bp,分别编,外显子,内含子,GenBank,登录号,同源性分析,分保,小差,EEE,铁离子,离子结合,保守结构域,亚细胞定位,定位预测,蛋白质二级结构,结构预测,卷曲,qRT,有组织,组织特异性,块根,花蕾,盐胁迫,幼苗,腐皮镰刀菌,Fusarium,solani,侵染,没有响应,组成型表达,表达模式,功能挖掘,抗逆,品种筛选,生物信息学分析
AB值：
0.293918
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