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版纳微型猪近交系AURKC的分子特征及其在睾丸中的转录调控研究
文献摘要：
为研究AURKC基因在版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)精子发生中的功能特性及表达调控,本研究利用RNA-seq技术对BMI 12月龄成年公猪的睾丸进行全转录组测序;采用RT-PCR技术从BMI睾丸获得AURKC全长编码序列,并分析其分子结构、蛋白保守结构域及功能特性,构建多物种氨基酸序列进化树和蛋白互作网络图;利用睾丸全转录组测序数据,借助相关数据库,对AURKC基因进行功能注释,预测调控的ceRNA(competing endogenous RNA,竞争性内源RNA),并构建转录调控网络.结果表明:AURKC在BMI睾丸中原始平均表达量为721.25,其对应转录本ENSSSCT00000051895.2的平均表达量(TPM)值为18.37,该基因CDS长894 bp(GenBank登录号:OK042305),编码297个氨基酸,位于猪6号染色体,含7个外显子;氨基酸序列N端亲水,C端疏水,含269个氨基酸组成的结构域S_TKC,二级结构中无规则卷曲占比最大;进化分析表明,AURKC氨基酸序列在哺乳动物多物种间具有高度的保守性及进化同源性;蛋白互作网络分析发现AURKC与10个蛋白存在相互作用;功能注释发现AURKC涉及26个GO,包括11个生物学过程,9个分子功能,6个细胞组分;ceRNA网络分析表明AURKC受ssc-miR-28-3p、ssc-miR-202-3p、ssc-miR-1296-5p和ssc-miR-361-5p共4个miRNA靶向调控.本研究可为进一步深入研究AURKC基因在BMI精子发生中的功能及表达调控奠定基础.
文献关键词：
版纳微型猪近交系;AURKC;生物信息学分析;蛋白互作;功能注释;调控网络
中图分类号：
作者姓名：
代红梅;刘志朋;张霞;霍海龙;王配;赵筱;霍金龙
作者机构：
云南农业大学 动物科学技术学院,云南 昆明 650201;吕梁学院 生命科学系,山西 吕梁 033001;云南农业职业技术学院,云南 昆明 650212
文献出处：
引用格式：
[1]代红梅;刘志朋;张霞;霍海龙;王配;赵筱;霍金龙-.版纳微型猪近交系AURKC的分子特征及其在睾丸中的转录调控研究)[J].河北农业大学学报,2022(03):88-96
A类：
AURKC,Banna,ENSSSCT00000051895,OK042305,TKC
B类：
版纳微型猪近交系,分子特征,睾丸,转录调控,调控研究,mini,pig,inbred,line,精子发生,功能特性,表达调控,研究利用,seq,月龄,公猪,全转录组测序,全长,长编,编码序列,分子结构,保守结构域,多物种,氨基酸序列,进化树,网络图,序数,功能注释,测调,ceRNA,competing,endogenous,竞争性,调控网络,应转,转录本,TPM,CDS,bp,GenBank,登录号,外显子,亲水,疏水,氨基酸组成,二级结构,无规则,卷曲,进化分析,哺乳动物,种间,保守性,同源性,蛋白互作网络分析,生物学过程,ssc,3p,5p,miRNA,靶向调控,生物信息学分析
AB值：
0.316388
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