典型文献
基于GEO数据库筛选心脏肥大差异表达mRNA及其网络构建
文献摘要：
目的 基于GEO数据库筛选心脏肥大的差异表达mRNA,构建其相关的长链非编码RNA(lncRNA)的竞争内源性RNA(ceRNA)调控网络.方法 检索GEO数据库中心脏肥大的相关芯片数据集GSE60291,通过R语言分析差异表达mRNA;采用GO功能和KEGG富集分析差异表达mRNA的功能与机制;在lncRNA相关疾病中检索与心脏肥大相关的lncRNA,通过Starbase数据库预测lncRNA的靶向miRNA,构建lncRNA-miRNA ceRNA网络,在miRNet预测相关miRNA的靶向mRNA并构建miRNA-mRNA ceRNA调控网络,在此基础上构建ln-cRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.结果 获得心脏肥大的差异mRNA 104个、lncRNA 6个及其关联miR-NA 37个和靶向mRNA 16724个;差异mRNA与靶向mRNA中获得86个相同的差异表达mRNA;GO分析及KEGG富集分析显示差异基因主要通过ATP酶活性、肌肉组织发育、前突触、黏着斑、MAPK信号通路、细胞周期、细胞凋亡等生物过程参与心脏肥大的发病.结论 筛选获得心脏肥大的差异表达mRNA并成功构建其调控网络,将为心脏肥大的防治提供潜在的新靶点.
文献关键词：
长链非编码RNA;心脏肥大;心肌肥厚;竞争内源性RNA;GEO数据库
中图分类号：
作者姓名：
晏阳;邓勇志
作者机构：
山西医科大学附属心血管病医院心脏大血管外科,太原 030024
文献出处：
引用格式：
[1]晏阳;邓勇志-.基于GEO数据库筛选心脏肥大差异表达mRNA及其网络构建)[J].南昌大学学报（医学版）,2022(02):42-48
A类：
GSE60291
B类：
GEO,心脏肥大,差异表达,网络构建,长链非编码,lncRNA,内源性,ceRNA,调控网络,语言分析,富集分析,相关疾病,Starbase,miRNA,miRNet,差异基因,ATP,肌肉组织,前突,突触,黏着斑,MAPK,细胞周期,生物过程,新靶点,心肌肥厚
AB值：
0.218818
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
