目的 基于高通量RNA测序技术和生物信息学分析鉴定肾母细胞瘤(wilms tumor,WT)中潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络.方法 收集2021年6月至2022年3月期间重庆医科大学附属儿童医院泌尿外科的WT患者的肿瘤切除组织共25例.RNA测序技术分析4对配对的肿瘤和癌旁正常组织的circRNA(DEcircRNA)和mRNA(DEmRNA)差异表达谱.对差异分子进行基于miRanda的miRNA靶点预测,基于相同位点和协同表达建立完整的circRNA-miRNA-mRNA调控网络.最后验证关键环状RNA的功能.结果 筛选出314个DEcircRNAs和1 612个DEmRNAs.通过RT-qPCR在组织中随机选择12个circRNA进行表达量验证,其中7个circRNA显示出与测序结果一致的趋势.基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析提示DEcircRNA的亲本基因和DEmRNA主要富集到细胞增殖、癌症和多种代谢相关通路中.利用miRanda预测工具识别DEcircRNA和DEmRNA的共同miRNA靶点,以此构建完整的circRNA-miRNA-mRNA 网络.基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)提示 ceRNA 网络中的靶基因与细胞周期和免疫应答有关.为了鉴定关键的下游靶点,基于STRING数据库建立了127个ceRNA网络中靶基因的PPI(protein-protein interaction)网络,并进一步确定了前10个HUB基因.其中,4个HUB基因(TP53、KANK3、LLGL1和TOPA3)被证实与WT的预后密切相关.基于具有预后意义的关键靶基因构建circRNA作用的调控子网络.最后,通过CCK-8、划痕、Transwell和流式细胞实验,发现沉默子网络中的circRNA(hsa_circ_0009035)抑制了 WT细胞的增殖、迁移、侵袭和细胞周期分布(P＜0.05).结论 本研究展示了 WT中circRNAs的全面表达,构建了潜在的circRNA相关的ceRNA调控网络,深入阐释了 WT发生发展的调控机制.

Wilms瘤;肾母细胞瘤;RNA测序;环状RNA;ceRNA网络

向彬;田小毛;米滔;金黎明;陈美玲;刘丰;刘星;林涛;魏光辉

400014重庆,重庆医科大学附属儿童医院泌尿外科,儿童泌尿生殖发育与组织工程重点实验室,儿童发育疾病研究教育部重点实验室,国家儿童健康与疾病临床医学研究中心,儿童发育重大疾病国家国际科技合作基地,儿科学重庆市重点实验室

陆军军医大学学报

[1]向彬;田小毛;米滔;金黎明;陈美玲;刘丰;刘星;林涛;魏光辉-.RNA测序揭示肾母细胞瘤中潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络)[J].陆军军医大学学报,2022(19):2002-2016

DEcircRNA,DEcircRNAs,KANK3,LLGL1,TOPA3,沉默子

肾母细胞瘤,miRNA,调控网络,生物信息学分析,分析鉴定,wilms,tumor,WT,重庆医科大学,儿童医院,泌尿外科,肿瘤切除,癌旁,正常组织,差异表达,表达谱,miRanda,靶点预测,协同表达,DEmRNAs,qPCR,随机选择,基因本体论,ontology,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,encyclopedia,genes,genomes,亲本,相关通路,基因集富集分析,Gene,Set,Enrichment,Analysis,GSEA,ceRNA,细胞周期,免疫应答,STRING,数据库建立,中靶,PPI,protein,interaction,HUB,TP53,预后意义,关键靶基因,子网络,CCK,划痕,Transwell,细胞实验,hsa,细胞的增殖,周期分布,调控机制,Wilms

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