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基于外泌体中基因序列构建miRNA-mRNA预测复治肺结核特异的关键基因
文献摘要：
目的 基于外泌体所建数据库构建复治肺结核(RTB)特异miRNA-mRNA的调控网络,为RTB在发病机制研究上提供理论支撑.方法 利用初治肺结核(ATB)和RTB患者和健康对照者外周血进行外泌体数据库的建立,并筛选RTB特异的差异表达miRNA和差异表达mRNA,通过miRNet数据库预测差异表达miRNA在RTB特异性下游靶基因并进行富集分析.使用可视化软件Cytoscape绘制miRNA-mRNA调控网络图.结果 ATB中有92个独立差异表达miRNA,RTB中有11个独立差异表达miRNA.ATB中有201个独立差异表达mRNA,RTB中有308个独立差异表达mRNA.对RTB特异性差异表达mRNA与RTB特异性差异表达miRNA预测的靶基因进行综合分析后取交集,共有8个靶向目标基因.PPI网络拓扑分析得出前20个关键基因,包括高表达RTB特异性差异表达基因miRNA的靶基因:PABPC1、EEF1A1、VCP、HNRNPA1;低表达RTB特异性差异表达基因miRNA的靶基因:DDX17、MAPK14、FLNA、TPT1、POLR2E.结论 PABPC1、EEF1A1、VCP、HNRNPA1、DDX17、MAPK14、FLNA、TPT1、POLR2可能是RTB特异的关键基因,在疾病发展中扮演调控作用.
文献关键词：
外泌体;复治肺结核;特异度;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
徐振华;李奇凤;王泉
作者机构：
北京儿童医院新疆医院/新疆维吾尔自治区儿童医院/新疆儿科研究所,新疆乌鲁木齐 830054;新疆医科大学第八附属医院检验科,新疆乌鲁木齐 830049
文献出处：
引用格式：
[1]徐振华;李奇凤;王泉-.基于外泌体中基因序列构建miRNA-mRNA预测复治肺结核特异的关键基因)[J].国际检验医学杂志,2022(17):2080-2085
A类：
DDX17,POLR2E,POLR2
B类：
外泌体,基因序列,miRNA,复治肺结核,关键基因,数据库构建,RTB,调控网络,初治肺结核,ATB,miRNet,靶基因,富集分析,可视化软件,Cytoscape,网络图,交集,PPI,网络拓扑分析,差异表达基因,PABPC1,EEF1A1,VCP,HNRNPA1,低表达,MAPK14,FLNA,TPT1,疾病发展,生物信息学分析
AB值：
0.237702
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