典型文献
转录-代谢组学分析筛选乙型肝炎相关肝细胞癌早期诊断标志物
文献摘要：
目的 采用非靶向代谢组学与转录组学技术分析乙型肝炎(hepatitis B virus,HBV)相关性肝细胞癌细胞差异表达的基因及代谢物,探讨HBV相关性肝细胞癌潜在的早期诊断标志物.方法 取对数生长期Huh7细胞,分为实验组(转染HBV质粒)和对照组(转染空载质粒),转染48 h采用Western blot法检测2组乙肝表面抗原(hepatitis B surface antigen,HBsAg)、乙肝核心抗原(hepatitis B core antigen,HBcAg)蛋白相对表达量;提取2组细胞代谢物进行液相色谱-质谱分析并筛选出差异表达代谢物,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析;提取2组细胞总RNA进行全转录组测序并筛选出差异表达基因,进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析、KEGG富集分析;应用Pearson相关法和KEGG富集分析法分析差异表达基因与差异表达代谢物的相关性.结果 转染48 h,实验组细胞HBsAg、HBcAg蛋白相对表达量(0.45±0.04、1.01±0.07)均高于对照组(0.10±0.05、0.25±0.06)(t=9.459,P=0.011;t=14.286,P=0.005).实验组与对照组显著差异表达代谢物有90个,与对照组比较,实验组57个代谢物表达上调,33个代谢物表达下调;差异代谢物主要在亚油酸代谢、丙酮酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、生物素代谢、视黄醇代谢等代谢通路上富集.实验组与对照组差异表达基因有431个,与对照组比较,实验组387个基因表达上调,44个基因表达下调;差异表达的基因主要在胶原蛋白结合、急性时相反应、胶原蛋白分解代谢、细胞外基质结合等条目上富集;差异表达基因高富集于紧密连接、细胞黏附分子、环磷酸腺苷信号通路等.差异表达基因和差异表达代谢物共同富集于氨基酸代谢、辅助因子和维生素、脂质代谢、碳水化合物代谢等通路.本研究绘制了明显差异表达的18个基因和15个代谢物的关联网络图.结论 HBV感染使18个基因差异表达并导致肝脏代谢物异常表达;15个异常表达的代谢物有可能成为HBV相关肝细胞癌早期诊断的新标志物.
文献关键词：
肝细胞癌;乙型肝炎病毒;非靶向代谢组学;转录组学
中图分类号：
作者姓名：
高婧;张名超;周燊;汪彦彦;李修岭;孙锁锋
作者机构：
郑州大学人民医院河南省人民医院消化内科,河南郑州 450003;新乡医学院2019级,河南新乡 453000
文献出处：
引用格式：
[1]高婧;张名超;周燊;汪彦彦;李修岭;孙锁锋-.转录-代谢组学分析筛选乙型肝炎相关肝细胞癌早期诊断标志物)[J].中华实用诊断与治疗杂志,2022(07):679-685
A类：
B类：
代谢组学分析,肝炎相关,诊断标志物,非靶向代谢组学,转录组学,组学技术,hepatitis,virus,HBV,肝细胞癌细胞,对数生长期,Huh7,转染,质粒,空载,blot,乙肝表面抗原,surface,antigen,HBsAg,乙肝核心抗原,core,HBcAg,白相,相对表达量,细胞代谢,质谱分析,出差,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,富集分析,全转录组测序,差异表达基因,基因本体,gene,ontology,差异代谢物,亚油酸代谢,丙酮酸代谢,精氨酸,脯氨酸代谢,生物素,视黄醇,代谢通路,胶原蛋白,蛋白结合,分解代谢,细胞外基质,条目,紧密连接,细胞黏附分子,环磷酸腺苷信号通路,氨基酸代谢,辅助因子,脂质代谢,碳水化合物代谢,关联网络,网络图,基因差异表达,肝脏代谢,异常表达,乙型肝炎病毒
AB值：
0.268637
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
