典型文献
基于生物信息学探讨骨关节炎miRNA-mRNA调控网络及其作用机制
文献摘要：
目的:基于生物信息学探讨骨关节炎miRNA-mRMA调控网络的作用机制并筛选Hub基因,分析其在骨关节炎中的分子调控机制.方法:通过GEO数据库获取骨关节炎的miRNA芯片数据集(GSE105027)和mRNA芯片数据集(GSE55235),分析两者的差异表达基因.利用FunRich软件预测差异表达miRNAs的转录因子、功能富集分析及其靶基因预测,再将预测的靶基因与差异表达mRNAs进行交叉匹配,获得miRNA-mRNA调控网络.然后利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,并筛选出Hub基因.最后利用R语言分析Hub基因的主要生物功能与相关信号通路.结果:① 筛选得到265个miRNAs和838个mRNAs存在差异表达.② 对265个miRNAs进行预测共得到203个转录因子,其中早期生长反应因子1(EGR1)差异最显著.富集分析显示miRNAs主要涉及核碱基、核苷、核苷酸和核酸代谢的调控,调节细胞生长,转录等过程.③ 共预测到3572个靶基因,依据miRNA和mRNA的负调节关系,筛选出交叉表达负调控的mRNAs 96个、miRNAs 25个.④ 原癌基因Jun(JUN)、原癌基因Fos(FOS)、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素1β(IL-1β)、趋化因子CXCL8(CXCL8)为蛋白互作网络中的Hub基因.⑤ 富集分析主要涵盖对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应、DNA结合转录因子活性的调节等生物学过程,涉及IL-17、Toll样受体、AGE-RAGE、TNF和NOD样受体信号通路.结论:成功筛选并构建了骨关节炎的miRNA-mRNA调控网络,在一定程度上阐明了miRNA及其靶基因在骨关节炎发生和发展中的分子调控机制.
文献关键词：
骨关节炎;微小RNA;调控网络;生物信息学;GEO数据库
中图分类号：
作者姓名：
陈锋;陈涛;章晓云;陈跃平;柴源
作者机构：
广西中医药大学附属瑞康医院骨科,广西 南宁530011
文献出处：
引用格式：
[1]陈锋;陈涛;章晓云;陈跃平;柴源-.基于生物信息学探讨骨关节炎miRNA-mRNA调控网络及其作用机制)[J].江苏大学学报（医学版）,2022(05):391-397,402
A类：
GSE105027
B类：
骨关节炎,调控网络,mRMA,Hub,分子调控机制,GEO,取骨,GSE55235,差异表达基因,FunRich,软件预测,miRNAs,功能富集分析,靶基因预测,mRNAs,STRING,Cytoscape,软件构建,蛋白互作网络,语言分析,生物功能,选得,早期生长,EGR1,碱基,酸代谢,细胞生长,负调控,原癌基因,Jun,JUN,Fos,FOS,白介素,趋化因子,CXCL8,脂多糖,生物学过程,Toll,样受体,RAGE,NOD
AB值：
0.280322
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