典型文献
军曹鱼响应低氧胁迫转录组SNP位点鉴定及其功能注释分析
文献摘要：
为了研究低氧胁迫下军曹鱼肠道转录组中单核苷酸多态性(SNP)标记位点及SNP所在基因SNP-Unigene的作用,通过SOAPsnp软件对军曹鱼幼鱼对照组和低氧胁迫转录组测序结果进行SNP检测,并将其比对到GO、KOG、KEGG数据库进行功能注释.结果显示,军曹鱼转录组SNP位点分布在26120条SNP-Unigene上,共检测到431845个SNP位点,SNP平均发生频率约为1/171 bp;SNP-Unigene功能注释发现,在低氧胁迫条件下,军曹鱼SNP-Unigene主要涉及信号转导、传染病、癌症和内分泌系统等信号通路.进一步筛选到3417条SNP-Unigene被注释到MAPK信号通路等35条与免疫相关的通路中.基于转录组差异基因分析,检测了其中7个重要免疫通路中18个免疫相关基因的SNP位点分布情况.同时,也检测了HIF-1信号通路中PIK3CA等8个差异基因的SNP位点分布情况.研究结果将为进一步挖掘免疫及低氧相关SNP的分子遗传标记奠定基础,为军曹鱼低氧适应机制的深入研究提供科学参考.
文献关键词：
军曹鱼;低氧胁迫;转录组测序;免疫基因;单核苷酸多态性
中图分类号：
作者姓名：
杨二军;杨林桐;王维政;黄建盛;张健东;王忠良;陈刚
作者机构：
广东海洋大学 水产学院,广东 湛江 524088;南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江),广东 湛江 524025;广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室,广东 湛江 524088
文献出处：
引用格式：
[1]杨二军;杨林桐;王维政;黄建盛;张健东;王忠良;陈刚-.军曹鱼响应低氧胁迫转录组SNP位点鉴定及其功能注释分析)[J].海洋学报（中文版）,2022(01):113-124
A类：
SOAPsnp
B类：
军曹鱼,低氧胁迫,SNP,功能注释,鱼肠,单核苷酸多态性,Unigene,幼鱼,转录组测序,KOG,发生频率,bp,胁迫条件,信号转导,内分泌系统,MAPK,差异基因分析,免疫相关基因,HIF,PIK3CA,分子遗传标记,低氧适应机制,免疫基因
AB值：
0.207379
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