典型文献
高亚硝酸盐胁迫下日本囊对虾肝胰腺的转录组分析
文献摘要：
为研究日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)耐高亚硝酸盐的分子调控机制,利用新一代高通量Illumina测序技术,对日本囊对虾在高亚硝酸盐胁迫下的肝胰腺进行转录组测序,通过对高质量序列的拼接组装以及功能基因的注释和分类,发掘与耐高亚硝酸盐相关性状的候选基因.实验结果表明:①10个文库共获得920785608个净读本,数据量为6.48G～7.34G.②Q30>93.07％.利用Trinity软件组装后获得46308条单基因簇,N50为1833 bp.③与对照组相比,高亚硝酸盐组分别识别出593、606、1089、497和988个差异表达基因.④对DEGs进行功能注释,得到与免疫和代谢相关的通路和基因.⑤采用qPCR对随机选择的9个差异基因(DPD、ABCH、ProPOb、ACADL、CYP2J、PAT4、BHMT、CLEC和PEPCK)在高亚硝酸盐胁迫下的表达情况进行检测,其表达量与转录组测序技术(RNA Sequencing,RNA-seq)趋势一致.本研究结果丰富了对虾cDNA数据库的信息,为日本囊对虾在高亚硝酸盐胁迫下的分子机制研究奠定了基础.
文献关键词：
日本囊对虾;转录组;高亚硝酸盐胁迫;荧光定量PCR(qRT-PCR);差异基因表达
中图分类号：
作者姓名：
陈亭君;栗志民;袁乐;刘建勇;梁彩凤
作者机构：
广东海洋大学 水产学院,广东 湛江 524088
文献出处：
引用格式：
[1]陈亭君;栗志民;袁乐;刘建勇;梁彩凤-.高亚硝酸盐胁迫下日本囊对虾肝胰腺的转录组分析)[J].海洋科学进展,2022(02):287-306
A类：
高亚硝酸盐胁迫,ABCH,ProPOb,ACADL,CYP2J,PAT4
B类：
日本囊对虾,肝胰腺,转录组分析,Marsupenaeus,japonicus,分子调控机制,Illumina,拼接,功能基因,相关性状,候选基因,文库,共获,读本,数据量,48G,34G,Q30,Trinity,单基因,基因簇,N50,bp,差异表达基因,DEGs,功能注释,qPCR,随机选择,DPD,BHMT,CLEC,PEPCK,转录组测序技术,Sequencing,seq,cDNA,qRT,差异基因表达
AB值：
0.272719
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