典型文献
ChIP-seq分析花生中AhGLK1与AhHDA1调控的下游靶基因网络
文献摘要：
花生(Arachis hypogaea L.)是重要的经济油料作物,其生长发育、产量与品质受干旱影响.为深入了解花生的抗旱机理,本研究通过ChIP-seq对组蛋白去乙酰化酶AhHDA1和转录因子AhGLK1富集的DNA序列进行分析,揭示两者调控的下游靶基因网络.通过比对分析,GLK-IP获得6571万clean beads,HDA-IP获得6390万clean beads,Input获得7006万clean beads,唯一比对率分别为74.97％、76.81％和76.75％.GLK-IP获得714个peak,HDA-IP获得543个peak.Peak在基因的外显子、内含子、上游、下游和基因间等功能元件均有分布.GO富集结果显示,AhGLK1-IP和AhHDA1-IP的peak相关基因在分子功能中的富集分别为35.1％和32.8％,在生物学过程中的富集分别为39.3％和44.2％,在细胞组分中的富集分别为25.5％和22.8％.KEGG信号通路富集结果显示,AhGLK1-IP相关基因显著富集在"代谢途径(metabolic pathways)"、"抗生素生物合成(biosynthesis of antibiotics)"、"二羧酸代谢(glyoxylate and dicarboxylate metabolism)"、"不同环境中微生物代谢(microbial metabolism in diverse environments)"、"碳代谢(carbon metabolism)"、"次生代谢生物合成(biosynthesis of secondary metabolites)"和"氨基酸生物合成(biosynthesis of amino acids).而AhHDA1-IP相关基因在"N聚糖生物合成(N-glycan biosynthesis)"、"精氨酸和脯氨酸代谢(arginine and proline metabolism)"和"苯丙氨酸代谢(phenylalanine metabolism)"通路显著富集.AhGLK1-IP和AhHDA1-IP共同富集的peak有4个,在AhGLK1-IP和AhHDA1-IP特异富集的基序(motif)中存在共同的保守序列AGAA/T.研究结果为深入认识AhGLK1和AhHDA1基因的功能和了解花生响应干旱胁迫和旱后恢复生长中的调控机制具有参考价值.
文献关键词：
花生;ChIP-seq;AhGLK1;AhHDA1;靶基因
中图分类号：
作者姓名：
刘星;苏良辰;李丽梅;李玲
作者机构：
遵义医科大学珠海校区生物工程系,广东珠海 519041;华南师范大学生命科学学院/广东省植物发育生物工程重点实验室,广东广州510631
文献出处：
引用格式：
[1]刘星;苏良辰;李丽梅;李玲-.ChIP-seq分析花生中AhGLK1与AhHDA1调控的下游靶基因网络)[J].作物学报,2022(11):2765-2773
A类：
AhGLK1,AhHDA1,AGAA
B类：
ChIP,seq,花生,靶基因,Arachis,hypogaea,油料作物,产量与品质,抗旱机理,组蛋白去乙酰化酶,比对分析,clean,beads,Input,一比,peak,Peak,外显子,内含子,集结,生物学过程,信号通路富集,代谢途径,metabolic,pathways,生物合成,biosynthesis,antibiotics,二羧酸,glyoxylate,dicarboxylate,metabolism,不同环境,微生物代谢,microbial,diverse,environments,碳代谢,carbon,次生代谢,secondary,metabolites,amino,acids,glycan,精氨酸,脯氨酸代谢,arginine,proline,苯丙氨酸,phenylalanine,基序,motif,保守序列,干旱胁迫,恢复生长,调控机制
AB值：
0.324597
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