典型文献
基于QTL定位和RNA-seq分析挖掘玉米茎粗候选基因
文献摘要：
茎粗是影响玉米株型的一个重要性状,为解析玉米茎粗的遗传基础,本研究以茎粗存在显著差异的自交系郑58和D863F及其构建的241个RILs家系为材料,在2个环境及最佳线性无偏预测值(BLUP,best linear unbiased prediction)下进行QTL定位.2个环境及BLUP值下共检测到6个与玉米茎粗有关的QTL,分布于玉米的第3、6和10染色体上,单个QTL解释的表型变异为4.30％～10.73％.对2个亲本茎秆RNA-Seq结果进行分析,QTL定位区间共检测到106个差异表达基因(DEGs,differentially expressed genes),其中49基因个上调,57个基因下调.GO功能富集分析表明,差异表达基因主要富集在分子功能中,涉及催化活性、转移酶活性、苹果酸脱氢酶活性和离子结合等.KEGG富集分析表明,差异表达基因主要参与到次生代谢产物的生物合成,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,类苯基丙酸合成代谢等过程.将QTL定位与转录组测序相结合,筛选出12个可能调控茎粗发育的候选基因.这些QTL位点和候选基因可用于进一步的精细定位和功能分析,为开展玉米理想株型分子育种奠定了基础.
文献关键词：
玉米;茎粗;QTL;RNA-seq
中图分类号：
作者姓名：
王新涛;魏锋;代资举;李保叶;郝俊杰
作者机构：
河南省农业科学院植物保护研究所,郑州450002;河南省新乡市农业科学院,新乡453002;河南省农业科学院河南省作物分子育种研究院,郑州450002
文献出处：
引用格式：
[1]王新涛;魏锋;代资举;李保叶;郝俊杰-.基于QTL定位和RNA-seq分析挖掘玉米茎粗候选基因)[J].植物遗传资源学报,2022(06):1737-1745
A类：
D863F
B类：
QTL,seq,茎粗,候选基因,玉米株型,重要性状,遗传基础,自交系,RILs,家系,最佳线性无偏预测,BLUP,best,linear,unbiased,prediction,表型变异,亲本,茎秆,Seq,差异表达基因,DEGs,differentially,expressed,genes,功能富集分析,催化活性,转移酶,苹果酸脱氢酶,脱氢酶活性,离子结合,到次,次生代谢产物,生物合成,丙氨酸,天冬氨酸,谷氨酸代谢,苯基,丙酸,合成代谢,转录组测序,精细定位,功能分析,理想株型,分子育种
AB值：
0.396277
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